angsd-wrapper: værktøjer til analyse af næste generations sekventeringsdata

Sekventering med høj kapacitet har ændret mange aspekter af populationsgenetik, molekylær økologi og beslægtede områder, hvilket påvirker både eksperimentelt design og dataanalyse. Softwarepakken angsd giver brugerne mulighed for at udføre en række populationsgenetiske analyser på sekventeringsdata med højt gennemløb. angsd anvender probabilistiske tilgange, som direkte kan gøre brug af genotype-sandsynligheder; SNP-kaldning er således ikke nødvendig for sammenlignende analyser. Dette udnytter alle sekventeringsdata og giver mere præcise resultater for prøver med lav sekventeringsdybde. Her præsenterer vi angsd-wrapper, et sæt wrapper-scripts, der giver en brugervenlig grænseflade til at køre angsd og visualisere resultaterne. angsd-wrapper understøtter flere typer analyser, herunder estimater af nukleotidsekvensdiversitetsneutralitetstests, hovedkomponentanalyse, estimering af blandingsandele for individuelle prøver og beregning af statistik, der kvantificerer nyere introgression. angsd-wrapper giver også interaktiv grafisk visning af angsd-resultater for at forbedre dataudforskningen. Vi demonstrerer angsd-wrappers anvendelighed ved at analysere resekventeringsdata fra populationer af vilde og domesticerede Zea-populationer. angsd-wrapper er frit tilgængelig fra https://github.com/mojaveazure/angsd-wrapper.