Data ArtikelData for molekylærdynamiske simuleringer af B-type cytochrom c oxidase med Amber-kraftfeltet

Cytochrom c oxidase (CcO) er et vigtigt enzym, der katalyserer reduktionen af molekylær oxygen til vand og pumper protoner gennem mitokondrie- og bakteriemembraner. I denne artikel præsenteres parametre for cofaktorerne for ba3-type CcO, som er kompatible med de helt-atomære Amber ff12SB- og ff14SB-kraftfelter. Specifikt blev der udviklet parametre for CuA-parret, hæm b og det tokernede center, der består af hæm a3 og CuB, som er forbundet af en hydroperoxo-gruppe. Dataene omfatter geometrier i XYZ-koordinatformat for klyngemodeller, der blev anvendt til at beregne protonoverførselsenergier og udlede bindingsparametre og punktladninger for kraftfeltet ved hjælp af tæthedsfunktionel teori. Der er også inkluderet de endelige parameterfiler, som kan anvendes med Amber leap-programmet til at generere inputfiler til molekylærdynamiske simuleringer med Amber-softwarepakken. På grundlag af den højopløste (1,8 Å) røntgenkrystalstruktur af ba3-type CcO fra Thermus thermophilus (Protein Data Bank ID-nummer PDB: 3S8F) byggede vi en model, der er indlejret i en POPC lipid-dobbeltlagsmembran og solveret med TIP3P-vandmolekyler og modioner. Vi leverer PDB-datafiler af den oprindelige model og den equilibrerede model, som kan bruges til yderligere undersøgelser.