EMBL – European Molecular Biology Laboratory

Informationer om formen og konformationen af et protein samt om interaktionen mellem makromolekyler kan fås fra sedimentations- og diffusionskoefficienterne fra et sedimentationshastighedseksperiment. Sedimentationskoefficienter er særligt nyttige til at overvåge ændringer i et proteins konformation. Den resulterende model for den overordnede form af proteinet eller proteinkomplekset kan sammenlignes med billeder opnået ved elektronmikroskopi for at vurdere, hvor anvendelige disse billeder er i forhold til disse partiklers opførsel i opløsning.

Association

I modsætning til andre metoder til undersøgelse af bindingsprocesser er sedimentationsligevægtsmetoden særlig følsom til undersøgelse af relativt svage associationer med associationskonstanter (Ka) i størrelsesordenen 10-100 M-1. Men også bindingsprocesser med Ka-værdier væsentligt større end 107 M-1 kan studeres.

Instrumentet

Den analytiske ultracentrifuge, vi har på EMBL, er en Beckman Optima XL-A. Instrumentet centrifugerer proteinprøven under vakuum ved en kontrolleret hastighed og temperatur, mens det på faste tidspunkter registrerer koncentrationsfordelingen. Afhængigt af rotoren kan hastigheden være så høj som 60.000 omdrejninger pr. minut (hvilket svarer til 250.000 x g). Til målingerne anvendes særlige celler, der kan modstå det høje tyngdefelt, og som tillader lysgennemgang gennem prøven. Prøven anbringes i et sektorformet hulrum, der er anbragt mellem to kvartsvinduer (se fig. 1). Dette hulrum er placeret i et midterstykke af aluminiumslegering eller forstærket epoxy. Der anvendes også dobbelte sektorceller for at kunne korrigere for absorbansen af prøveopløsningsmidlet. Disse celler gør det også muligt at måle forskelle i sedimentationskoefficienter og diffusionskoefficienter. Centrene har en vejlængde på 3 til 12 mm, hvilket kombineret med valgbare bølgelængder gør det muligt at undersøge et bredt spektrum af prøvekoncentrationer. For at finde ud af, hvordan man samler en celle, henvises til samlingsprotokollen.