Data ArticleData for molecular dynamics simulations of B-type cytochrome c oxidase with the Amber force field

Cytochrom c oxidáza (CcO) je důležitý enzym, který katalyzuje redukci molekulárního kyslíku na vodu a pumpuje protony přes mitochondriální a bakteriální membrány. Tento článek uvádí parametry pro kofaktory CcO typu ba3, které jsou kompatibilní s celoatomovými silovými poli Amber ff12SB a ff14SB. Konkrétně byly vyvinuty parametry pro dvojici CuA, hem b a dinukleární centrum, které se skládá z hemu a3 a CuB přemostěného hydroperoxoskupinou. Data obsahují geometrie ve formátu souřadnic XYZ pro modely klastrů, které byly použity k výpočtu energií přenosu protonů a odvození parametrů vazeb a bodových nábojů pro silové pole pomocí teorie funkcionálu hustoty. Součástí jsou také soubory konečných parametrů, které lze použít s programem Amber leap k vytvoření vstupních souborů pro simulace molekulární dynamiky pomocí softwarového balíku Amber. Na základě rentgenové krystalové struktury typu ba3 CcO z Thermus thermophilus s vysokým rozlišením (1,8 Å) (identifikační číslo Protein Data Bank PDB: 3S8F) jsme vytvořili model, který je vložen do lipidové dvojvrstvy POPC membrány a solvatován molekulami vody a protiionty TIP3P. Poskytujeme datové soubory PDB původního modelu a ekvilibrovaného modelu, které lze použít pro další studie.

.