Affymetrix

CGS bietet Whole-Transcript Profiling auf den Affymetrix Gene ST und Clariom S Plattenarrays an. Die Arrays sind im 24- oder 96-Platten-Format für Mensch, Maus, Ratte und zahlreiche Modelle erhältlich. Bitte folgen Sie diesem Link, um weitere Informationen und eine Liste der verfügbaren Arrays zu erhalten.

Die große Stärke dieser Arrays gegenüber anderen ist ihr Design, das auf einer sorgfältigen Auswahl von Sonden basiert, die auf charakteristische Exons und nicht nur auf das 3-Prime-Ende eines Gens ausgerichtet sind. Dieses überlegene Array-Design ermöglicht die Messung von Gen-Isoformen und damit eine genauere Messung der Genexpressionsniveaus im gesamten Transkriptom einschließlich der nicht-kodierenden RNA.

Protokoll:

Die RNA-Proben werden mit dem Genechip WT Plus Kit von Affymetrix amplifiziert. Die RNA wird in cDNA umgewandelt und mit einer Mischung von Primern für polyA- und nicht-polyA-mRNAs amplifiziert, wobei biotin-markierte cRNA entsteht. Die cRNA wird dann auf den Gene ST Array hybridisiert, gefärbt und mit dem Genetitan gescannt.

Wenn Quantität oder Qualität ein Problem darstellen, verwenden wir das GeneChip WT pico kit (Affymetrix). Mit dieser Methode kann Gesamt-RNA aus nur 100 pg amplifiziert werden.