angsd-wrapper: Dienstprogramme für die Analyse von Next-Generation-Sequencing-Daten

Die Hochdurchsatz-Sequenzierung hat viele Aspekte der Populationsgenetik, der molekularen Ökologie und verwandter Gebiete verändert und wirkt sich sowohl auf die Versuchsplanung als auch auf die Datenanalyse aus. Das Softwarepaket angsd ermöglicht es den Nutzern, eine Reihe von populationsgenetischen Analysen mit Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten durchzuführen. angsd verwendet probabilistische Ansätze, die direkt auf Genotyp-Likelihoods zurückgreifen können; daher ist für vergleichende Analysen kein SNP-Calling erforderlich. Dadurch werden alle Sequenzierungsdaten genutzt und genauere Ergebnisse für Proben mit geringer Sequenzierungstiefe erzielt. Hier stellen wir angsd-wrapper vor, eine Reihe von Wrapper-Skripten, die eine benutzerfreundliche Schnittstelle für die Ausführung von angsd und die Visualisierung der Ergebnisse bieten. angsd-wrapper unterstützt mehrere Arten von Analysen, einschließlich Schätzungen von Nukleotidsequenz-Diversitätsneutralitätstests, Hauptkomponentenanalyse, Schätzung von Vermischungsanteilen für einzelne Proben und Berechnung von Statistiken, die die jüngste Introgression quantifizieren. angsd-wrapper bietet auch eine interaktive grafische Darstellung von angsd-Ergebnissen zur Verbesserung der Datenerforschung. Wir demonstrieren die Nützlichkeit von angsd-wrapper durch die Analyse von Resequenzierungsdaten aus Populationen von wildem und domestiziertem Zea. angsd-wrapper ist frei erhältlich bei https://github.com/mojaveazure/angsd-wrapper.