Daten ArtikelDaten für Molekulardynamiksimulationen von Cytochrom c-Oxidase vom B-Typ mit dem Amber-Kraftfeld

Cytochrom c-Oxidase (CcO) ist ein lebenswichtiges Enzym, das die Reduktion von molekularem Sauerstoff zu Wasser katalysiert und Protonen durch mitochondriale und bakterielle Membranen pumpt. In diesem Artikel werden Parameter für die Kofaktoren der CcO vom Typ ba3 vorgestellt, die mit den All-Atom-Amber-Kraftfeldern ff12SB und ff14SB kompatibel sind. Insbesondere wurden Parameter für das CuA-Paar, Häm b und das zweikernige Zentrum entwickelt, das aus Häm a3 und CuB besteht, die durch eine Hydroperoxo-Gruppe verbrückt sind. Die Daten enthalten Geometrien im XYZ-Koordinatenformat für Clustermodelle, die zur Berechnung von Protonentransferenergien und zur Ableitung von Bindungsparametern und Punktladungen für das Kraftfeld mithilfe der Dichtefunktionaltheorie verwendet wurden. Ebenfalls enthalten sind die endgültigen Parameterdateien, die mit dem Programm Amber leap verwendet werden können, um Eingabedateien für Molekulardynamiksimulationen mit dem Softwarepaket Amber zu erzeugen. Auf der Grundlage der hochauflösenden (1,8 Å) Röntgenkristallstruktur des ba3-Typs von CcO aus Thermus thermophilus (Protein Data Bank ID-Nummer PDB: 3S8F) haben wir ein Modell erstellt, das in eine POPC-Lipid-Doppelschichtmembran eingebettet und mit TIP3P-Wassermolekülen und Gegenionen solvatisiert ist. Wir stellen PDB-Datendateien des Ausgangsmodells und des äquilibrierten Modells zur Verfügung, die für weitere Studien verwendet werden können.