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BLAST+ executables
Haben Sie Schwierigkeiten bei der Durchführung umfangreicher BLAST-Suchen? Haben Sie eigene Sequenzdaten zu durchsuchen und können die NCBI BLAST-Website nicht nutzen? Haben Sie Zugang zu Ihrem eigenen Server? Haben Sie Ihre eigene Forschungspipeline? Haben Sie Sicherheits- oder IP-Bedenken, wenn Sie Suchanfragen außerhalb Ihrer Organisation senden? Wenn Sie eine dieser Fragen mit Ja beantwortet haben, lesen Sie weiter!
Das NCBI bietet eine Reihe von Befehlszeilentools zur Ausführung von BLAST, genannt BLAST+. Damit können Benutzer BLAST-Suchen auf ihrem eigenen Server ohne Größen-, Volumen- und Datenbankbeschränkungen durchführen. BLAST+ kann mit einer Befehlszeile verwendet werden, so dass es direkt in Ihren Arbeitsablauf integriert werden kann.
Was sind die nächsten Schritte?
Laden Sie BLAST+ herunter und installieren Sie es. Installationsprogramme und Quellcode sind unter ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ verfügbar. Laden Sie die Datenbanken herunter, die Sie benötigen (siehe Abschnitt Datenbanken unten), oder erstellen Sie Ihre eigenen. Beginnen Sie mit der Suche.
Weitere Informationen finden Sie im BLAST+ Benutzerhandbuch, im BLAST-Hilfehandbuch, in den BLAST-Versionshinweisen und im Artikel in BMC Bioinformatics (PubMed-Link). Siehe unsere Versionspolitik.
Die BLAST+ Suite ist das derzeit unterstützte Paket. Die älteren C-Toolkit-Executables werden nicht mehr unterstützt. Siehe unsere Versionspolitik.
Wir haben immer ein offenes Ohr und freuen uns über Ihr Feedback im BLAST Support Center.
Magic-BLAST
Magic-BLAST ist ein Tool für das Mapping großer RNA- oder DNA-Sequenzierungsläufe der nächsten Generation gegen ein ganzes Genom oder Transkriptom. Lesen Sie mehr über Magic-BLAST unter https://ncbi.github.io/magicblast.
Installationsprogramme und Quellcode sind erhältlich unter ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST.
IgBLAST
IgBLAST erleichtert die Analyse von variablen Domänensequenzen von Immunglobulinen und T-Zell-Rezeptoren. Einzelheiten entnehmen Sie bitte der Dokumentation unter https://ncbi.github.io/igblast/ und dem Artikel in Nucleic Acids Research (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333).
Installationsprogramme und Quellcode sind unter ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST erhältlich.
SRPRISM
SRPRISM ist ein Short-Read-Alignment-Tool, das mit genomischen Sequenzen arbeitet und alternative Loci behandelt. Für weitere Informationen siehe ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README. Eine ausführbare LINUX-Version ist verfügbar unter ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism
Datenbanken
BLAST-Datenbanken werden täglich aktualisiert und können per FTP vonftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database heruntergeladen werden. Sets können automatisch mit update_blastdb.pl abgerufen werden, das Teil der BLAST+-Suite ist.
Das NCBI stellt eine durchsuchbare Sammlung positionsspezifischer Bewertungsmatrizen bereit, die für empfindliche Protein- und übersetzte Nukleotidsuchen verwendet werden können. Diese sind als Conserved Domain Database bekannt und können mit den ausführbaren Programmen RPSBLAST und RPSTBLASTN, die mit dem BLAST+-Paket vertrieben werden, durchsucht werden. Die umfassendste Sammlung von CDDs ist unter ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz verfügbar. Teilmengen der umfassenden Sammlung sind unter ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/ verfügbar. Die Dokumentation zu diesen CDD-Sammlungen finden Sie unter ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README.