Fiehn Lab – SetupX und BinBase

Wir haben ein System entwickelt, das massenspektrometrische und biologische Metadaten kombiniert, um dieses Ziel zu erreichen. Zunächst ermöglicht das SetupX-System die Eingabe biologischer Metadaten zur Steuerung von Laborabläufen, indem es „Klassen“ erzeugt, die experimentelle Designs widerspiegeln. Nach der Datenerfassung wird ein relationales Datenbanksystem (BinBase) für die automatische Metabolit-Annotation eingesetzt.

Query BinBase for compounds (Abfrage von BinBase nach Verbindungen) Dies ist die Hauptseite für den Vergleich von Massenspektren nach Verbindungsnamen, BinBase-Kennungen oder sogar nach Ihren GC/MS-Spektren, die Sie auf einer anderen Plattform erfasst haben! Die Seite gibt auch einen Überblick über den positiven Nachweis von Metaboliten in den verschiedenen Arten und Organen, die am UC Davis Genome Center analysiert werden (über 15.000 Proben von mehr als 40 Arten). Die langfristige Wiederverwendbarkeit von Metabolomdaten erfordert sowohl korrekte Metabolitenannotationen als auch konsistente biologische Klassifizierungen. Wir haben ein System entwickelt, das massenspektrometrische und biologische Metadaten kombiniert, um dieses Ziel zu erreichen. Eine öffentliche Studiendesign-Datenbank für Metabolomik-Projekte Metabolomik-Datenbanken sind ohne eine genaue Beschreibung des biologischen Studiendesigns und begleitende Metadaten, die über den Arbeitsablauf im Labor von der Probenvorbereitung bis zur Datenverarbeitung berichten, nutzlos. Hier berichten wir über die Implementierung eines Datenbanksystems, das es Forschern ermöglicht, ein biologisches Experiment detailliert zu beschreiben und einzurichten, und das außerdem die Arbeitsabläufe im Labor durch direkten Zugriff auf das Datenerfassungsinstrument steuert. Eine öffentliche Studiendesign-Datenbank für Metabolomik-Projekte Metabolomik-Datenbanken sind ohne eine genaue Beschreibung des biologischen Studiendesigns und begleitende Metadaten, die über den Laborarbeitsablauf von der Probenvorbereitung bis zur Datenverarbeitung berichten, nutzlos. Hier berichten wir über die Implementierung eines Datenbanksystems, das es Forschern ermöglicht, ein biologisches Experiment detailliert zu beschreiben und einzurichten, und das außerdem die Arbeitsabläufe im Labor durch direkten Zugriff auf das Datenerfassungsinstrument steuert. BinBase – Funktionen, Dokumentation und FAQ Dokumentation der Funktionen, Dokumentation und FAQ zu BinBase Aktuelle Fortschritte in der computergestützten Metabolomik David S. Wishart schrieb: „SetupX, entwickelt vom Fiehn-Labor an der UCD, ist ein hervorragendes Beispiel für ein webbasiertes Metabolomik-LIMS. Es ist XML-kompatibel und basiert auf einem relationalen Datenbankmanagementkern. Es ist insbesondere auf die Erfassung und Darstellung von GC-MS-Metabolomikdaten durch seine metabolische Annotationsdatenbank namens BinBase ausgerichtet.“ SetupX Poster Boston 2008 SetupX Poster gezeigt auf der Boston Metabolomics Conference 2008 BinBase Download des BinBase Datenbanksystems