Human BLAT Search

BLAT on DNA wurde entwickelt, um schnell Sequenzen mit einer Ähnlichkeit von 95% und mehr und einer Länge von 25 Basen oder mehr zu finden. Es kann abweichende oder kürzere Sequenzübereinstimmungen übersehen. BLAT für Proteine findet Sequenzen mit einer Ähnlichkeit von 80% und mehr und einer Länge von 20 Aminosäuren oder mehr. In der Praxis funktioniert DNA BLAT gut bei Primaten, und proteinBLAT bei Landwirbeltieren.

BLAT ist nicht BLAST. DNA BLAT arbeitet, indem es einen Index des gesamten Genoms im Speicher hält. Der Index besteht aus allen sich überlappenden 11-Meren, die um 5 abgestuft sind, mit Ausnahme derjenigen, die stark an Wiederholungen beteiligt sind. Der Index beansprucht etwa 2 Gigabyte RAM. Das Genom selbst wird nicht im Speicher gehalten, so dass BLAT eine hohe Leistung auf einem preisgünstigen Linux-Rechner erbringen kann.Der Index wird verwendet, um Bereiche wahrscheinlicher Homologie zu finden, die dann für ein detailliertes Alignment in den Speicher geladen werden. Protein BLAT arbeitet auf ähnliche Weise, allerdings mit 4-Meren statt 11-Meren. Der Protein-Index nimmt etwas mehr als 2 Gigabyte ein.

BLAT wurde von Jim Kent geschrieben.Wie die meiste Software von Jim ist die interaktive Nutzung auf diesem Webserver für alle kostenlos.Quellen und ausführbare Dateien zur Ausführung von Batch-Jobs auf Ihrem eigenen Server sind für akademische, persönliche und gemeinnützige Zwecke kostenlos erhältlich. Nicht-exklusive kommerzielle Lizenzen sind ebenfalls erhältlich. Weitere Informationen finden Sie auf der Kent Informatics-Website.

Für weitere Informationen über die grafische Version von BLAT klicken Sie auf die Schaltfläche „Hilfe“ in der oberen Menüleiste oder lesen Sie die FAQ zum Genombrowser.