Affymetrix

CGS ofrece la elaboración de perfiles de transcripción completa en los arrays de placas Gene ST y Clariom S de Affymetrix. Los arrays vienen en formato de 24 o 96 placas para humanos, ratones, ratas y numerosos modelos. Por favor, siga este enlace para obtener más información y una lista de los arrays disponibles.

La gran fuerza de estos arrays sobre otros es su diseño basado en una cuidadosa selección de sondas dirigidas a exones característicos en lugar de sólo al extremo 3 prime de un gen. Este diseño superior de los arrays permite la medición de las isoformas de los genes y, por lo tanto, le proporciona una medición más precisa de los niveles de expresión de los genes en todo el transcriptoma, incluido el ARN no codificante.

Protocolo:

Las muestras de ARN se amplifican utilizando el kit Genechip WT Plus de Affymetrix. Brevemente, el ARN se convierte en ADNc, y se amplifica utilizando una mezcla de cebadores dirigidos a ARNm poliA y no poliA generando ARNc marcado con biotina. A continuación, el ARNc se hibrida con la matriz Gene ST, se tiñe y se escanea utilizando el Genetitan.

Si la cantidad o la calidad es un problema, utilizamos el kit GeneChip WT pico (Affymetrix). Este es un método para amplificar el ARN total a partir de tan sólo 100 pg.