Artículo de datosDatos para simulaciones de dinámica molecular de la citocromo c oxidasa tipo B con el campo de fuerza Amber
La citocromo c oxidasa (CcO) es una enzima vital que cataliza la reducción del oxígeno molecular a agua y bombea protones a través de las membranas mitocondriales y bacterianas. Este artículo presenta parámetros para los cofactores de la CcO de tipo ba3 que son compatibles con los campos de fuerza de Amber ff12SB y ff14SB. Específicamente, se desarrollaron parámetros para el par CuA, el hemo b, y el centro dinuclear que consiste en el hemo a3 y el CuB unidos por un grupo hidroperoxo. Los datos incluyen geometrías en formato de coordenadas XYZ para los modelos de clúster que se emplearon para calcular las energías de transferencia de protones y derivar los parámetros de enlace y las cargas puntuales para el campo de fuerza utilizando la teoría funcional de la densidad. También se incluyen los archivos de parámetros finales que pueden emplearse con el programa Amber leap para generar archivos de entrada para simulaciones de dinámica molecular con el paquete de software Amber. Basándonos en la estructura cristalina de rayos X de alta resolución (1,8 Å) de la CcO de tipo ba3 de Thermus thermophilus (número de identificación del Banco de Datos de Proteínas PDB: 3S8F), construimos un modelo que está incrustado en una membrana de bicapa lipídica de POPC y solvatado con moléculas de agua TIP3P y contraiones. Proporcionamos archivos de datos PDB del modelo inicial y del modelo equilibrado que pueden utilizarse para estudios posteriores.