Descargue la documentación del software y las bases de datos BLAST
Ejecutables BLAST+
¿Tiene dificultades para realizar búsquedas BLAST de gran volumen? ¿Tiene datos de secuencias propios para buscar y no puede utilizar el sitio web de BLAST del NCBI? ¿Tiene acceso a su propio servidor? ¿Tiene su propia línea de investigación? ¿Le preocupa la seguridad o la propiedad intelectual de enviar las búsquedas fuera de su organización? Si ha respondido afirmativamente a alguna de estas preguntas, ¡siga leyendo!
El NCBI proporciona un conjunto de herramientas de línea de comandos para ejecutar BLAST llamado BLAST+. Esto permite a los usuarios realizar búsquedas BLAST en su propio servidor sin restricciones de tamaño, volumen y base de datos. BLAST+ puede utilizarse con una línea de comandos, por lo que puede integrarse directamente en su flujo de trabajo.
¿Cuáles son los siguientes pasos?
Descargue e instale BLAST+. Los instaladores y el código fuente están disponibles en ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/. Descargue las bases de datos que necesite,(vea la sección de bases de datos más abajo), o cree las suyas propias. Comience a buscar.
Para más detalles, consulte el manual de usuario de BLAST+, el manual de ayuda de BLAST, las notas de la versión de BLAST y el artículo en BMC Bioinformatics (enlace PubMed). Consulte nuestra política de versiones.
La suite BLAST+ es el paquete actualmente soportado. Los ejecutables del kit de herramientas C más antiguos ya no son compatibles. Vea nuestra política de versiones.
Siempre estamos escuchando y damos la bienvenida a sus comentarios en el Centro de Soporte de BLAST.
Magic-BLAST
Magic-BLAST es una herramienta para mapear grandes ejecuciones de secuenciación de ARN o ADN de próxima generación contra un genoma o transcriptoma completo. Lea más sobre Magic-BLAST en https://ncbi.github.io/magicblast.
Los instaladores y el código fuente están disponibles en ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST.
IgBLAST
IgBLAST facilita el análisis de secuencias de dominios variables de inmunoglobulinas y receptores de células T. Para más detalles, consulte la documentación en https://ncbi.github.io/igblast/ y el artículo en Nucleic Acids Research (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333).
Los instaladores y el código fuente están disponibles en ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST.
SRPRISM
SRPRISM es una herramienta de alineación de lecturas cortas que trabaja con secuencias genómicas y maneja loci alternativos. Para más información, consulte ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README. Un ejecutable para LINUX está disponible en ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism
Bases de datos
Las bases de datos de BLAST se actualizan diariamente y pueden descargarse a través de FTP desdeftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database Los conjuntos pueden recuperarse automáticamente con update_blastdb.pl, que forma parte de la suite BLAST+.Consulte la documentación de la base de datos de BLAST para obtener más detalles.
El NCBI hace una colección de búsqueda de matrices de puntuación específicas para cada posición que pueden utilizarse para búsquedas de proteínas sensibles y nucleótidos traducidos. Se conocen como la base de datos de dominios conservados y pueden buscarse con los ejecutables RPSBLAST y RPSTBLASTN distribuidos con el paquete BLAST+. La colección más completa de CDD está disponible en ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz. Los subconjuntos de la colección completa están disponibles en ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/. La documentación sobre estas colecciones de CDD está disponible en ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README.