EMBL – Laboratorio Europeo de Biología Molecular
La información sobre la forma y la conformación de una proteína, así como la interacción entre macromoléculas, puede obtenerse a partir de los coeficientes de sedimentación y difusión obtenidos en un experimento de velocidad de sedimentación. Los coeficientes de sedimentación son especialmente útiles para controlar los cambios de conformación de una proteína. El modelo resultante para la forma global de la proteína o del complejo proteico puede compararse con las imágenes obtenidas por microscopía electrónica para evaluar hasta qué punto esas imágenes son aplicables al comportamiento de estas partículas en solución.
Asociación
A diferencia de otros métodos para el estudio de los procesos de unión, el método de equilibrio de sedimentación es particularmente sensible para el estudio de asociaciones relativamente débiles con constantes de asociación (Ka) del orden de 10-100 M-1. Sin embargo, también se pueden estudiar procesos de unión con valores de Ka significativamente superiores a 107 M-1.
El instrumento
La ultracentrífuga analítica que tenemos en el EMBL es una Beckman Optima XL-A. El instrumento hace girar la muestra de proteína bajo vacío a una velocidad y temperatura controladas, mientras que en momentos determinados registra la distribución de la concentración. Dependiendo del rotor, la velocidad puede ser de hasta 60.000 rpm (lo que equivale a 250.000 x g). Para las mediciones se utilizan celdas especiales que soportan el elevado campo gravitatorio y que permiten el paso de la luz a través de la muestra. La muestra propiamente dicha se coloca en una cavidad en forma de sector intercalada entre dos ventanas de cuarzo (véase la Fig. 1). Esta cavidad se encuentra en una pieza central de aleación de aluminio o de epoxi reforzado. También se utilizan celdas de doble sector para poder corregir la absorbancia del disolvente de la muestra. Estas celdas también permiten la medición de las diferencias del coeficiente de sedimentación y de los coeficientes de difusión. Las piezas centrales tienen una longitud de trayectoria de 3 a 12 mm que, combinada con las longitudes de onda seleccionables, permite examinar una amplia gama de concentraciones de muestras. Para saber cómo montar una célula, consulte el protocolo de montaje.