Fiehn Lab – SetupX y BinBase

Hemos desarrollado un sistema que combina los metadatos de espectrometría de masas y biológicos para lograr este objetivo. En primer lugar, el sistema SetupX permite introducir metadatos biológicos para dirigir los flujos de trabajo del laboratorio generando «clases» que reflejan los diseños experimentales. Tras la adquisición de datos, se emplea un sistema de base de datos relacional (BinBase) para la anotación automatizada de metabolitos.

Consulta de compuestos en BinBase Este es el sitio principal para comparar espectros de masas por nombres de compuestos, por identificadores de BinBase o incluso por sus espectros GC/MS que haya adquirido en una plataforma diferente. El sitio también ofrece una visión general sobre la detección positiva de metabolitos en el diverso conjunto de especies y órganos analizados en el Centro del Genoma de la UC Davis (más de 15.000 muestras de más de 40 especies) Configuración y anotación de experimentos metabolómicos Los estudios metabolómicos imparciales se utilizan para estudios fisiológicos, clínicos y genómicos para inferir las relaciones genotipo-fenotipo. La reutilización a largo plazo de los datos metabolómicos necesita tanto anotaciones correctas de los metabolitos como clasificaciones biológicas consistentes. Hemos desarrollado un sistema que combina metadatos de espectrometría de masas y biológicos para lograr este objetivo. Una base de datos pública de diseño de estudios para proyectos metabolómicos Las bases de datos metabolómicos son inútiles sin una descripción precisa del diseño del estudio biológico y de los metadatos que lo acompañan, informando sobre el flujo de trabajo del laboratorio desde la preparación de las muestras hasta el procesamiento de los datos. Aquí informamos sobre la implementación de un sistema de base de datos que permite a los investigadores detallar y configurar un experimento biológico, y que también dirige los flujos de trabajo del laboratorio mediante el acceso directo al instrumento de adquisición de datos. Una base de datos pública de diseño de estudios para proyectos metabolómicos Las bases de datos metabolómicos son inútiles sin una descripción precisa del diseño del estudio biológico y de los metadatos que lo acompañan, informando sobre el flujo de trabajo del laboratorio desde la preparación de las muestras hasta el procesamiento de los datos. Aquí informamos sobre la implementación de un sistema de base de datos que permite a los investigadores detallar y configurar un experimento biológico, y que también dirige los flujos de trabajo del laboratorio mediante el acceso directo al instrumento de adquisición de datos. BinBase – características, documentación y preguntas frecuentes Documentación de las características, documentación y preguntas frecuentes sobre BinBase Progreso actual en metabolómica computacional David S.Wishart escribió: «SetupX, desarrollado por el laboratorio Fiehn en la UCD, es un excelente ejemplo de un LIMS de metabolómica basado en la web. Es compatible con XML y está construido en torno a un núcleo de gestión de bases de datos relacionales. Está especialmente orientado a la captura y visualización de datos metabolómicos GC-MS a través de su base de datos de anotaciones metabólicas llamada BinBase.» Póster de SetupX Boston 2008 Póster de SetupX mostrado en la Conferencia de Metabolómica de Boston 2008 BinBase Descargar el enlace de descarga del sistema de base de datos BinBase