La mejor manera de hacerlo es (hacer / haciendo) que sea amigo

1) La mejor manera de destruir a tu enemigo es hacer que sea amigo.

2) La mejor manera de destruir a tu enemigo es haciéndolo amigo.

La primera frase establece una relación entre la primera y la segunda parte.

La mejor manera de hacer algo = hacer x algo.

El «para» es una palabra función que permite que las dos partes se relacionen entre sí. Conecta las dos ideas como una proposición general. «to» a menudo puede referirse también al propósito o al resultado de algo.

  • He went to school to get a diploma.

No se refiere a cómo como la palabra by.

La segunda frase con by se refiere a un proceso para hacer algo o cómo se hace algo.

Por ejemplo:

  • Hice un pastel horneándolo.
  • Terminó la redacción con sólo escribirla.
  • Trabajaron toda la noche esforzándose.

Así, by introduce la idea de cómo hacer algo.

«Haciéndolo tu amigo» se refiere al proceso o actividad que realizas.

  • Se enemistaron con sus compañeros de clase al ser tan malos con ellos.

Aquí está la prueba de esto de un sitio de gramática en línea:

**Método- por verbo- vs. Instrumento- con (un) sustantivo

Método Un método de hacer algo puede ser expresado con una frase preposicional que incluye por + un gerundio. (La frase prep. es un «adjunto» a la cláusula principal porque la oración puede considerarse completa sin ella.)**

Puedes abrirlo usando un cuchillo.

por más un gerundio