angsd-wrapper: apuohjelmat seuraavan sukupolven sekvensointidatan analysointiin

Suuren läpimenon sekvensointi on muuttanut monia populaatiogenetiikan, molekyyliekologian ja niihin liittyvien alojen osa-alueita vaikuttaen sekä koesuunnitteluun että datan analysointiin. Ohjelmistopaketti angsd antaa käyttäjille mahdollisuuden suorittaa useita populaatiogeneettisiä analyysejä korkean läpimenon sekvensointidatalla. angsd käyttää probabilistisia lähestymistapoja, joissa voidaan suoraan hyödyntää genotyyppien todennäköisyyksiä; näin ollen SNP-kutsua ei tarvita vertaileviin analyyseihin. Näin hyödynnetään kaikkea sekvensointidataa ja saadaan tarkempia tuloksia näytteille, joiden sekvensointisyvyys on pieni. Tässä esitellään angsd-wrapper, joukko wrapper-skriptejä, jotka tarjoavat käyttäjäystävällisen käyttöliittymän angsd:n suorittamiseen ja tulosten visualisointiin. angsd-wrapper tukee useita analyysityyppejä, mukaan lukien nukleotidisekvenssidiversiteetin neutraalisuustestien estimaatit, pääkomponenttianalyysi, yksittäisten näytteiden sekoittumisprosenttien estimoinnit ja hiljattain tapahtunutta introgressiota kvantifioivien tilastojen laskeminen. angsd-wrapper tarjoaa myös interaktiivisen graafisen kuvaajan angsd:n tuloksille, mikä tehostaa datan tarkastelua. Osoitamme angsd-wrapperin hyödyllisyyden analysoimalla luonnonvaraisten ja kesytettyjen Zea-populaatioiden resekvensointitietoja. angsd-wrapper on vapaasti saatavilla osoitteesta https://github.com/mojaveazure/angsd-wrapper.