Data ArticleData for molecular dynamics simulations of B-type cytochrome c oxidase with the Amber force field

Sytokromi-c-oksidaasi (CcO) on elintärkeä entsyymi, joka katalysoi molekyylisen hapen pelkistymistä vedeksi ja pumppaa protoneja mitokondrioiden ja bakteerien membraanien läpi. Tässä artikkelissa esitellään ba3-tyypin CcO:n kofaktorien parametrit, jotka ovat yhteensopivia kaikkien atomien Amber ff12SB- ja ff14SB-voimakenttien kanssa. Parametrit kehitettiin erityisesti CuA-parille, hemi b:lle ja kaksiytimiselle keskukselle, joka koostuu hemi a3:sta ja CuB:stä, joita hydroperoksoryhmä yhdistää. Tiedot sisältävät XYZ-koordinaattimuodossa olevat geometriat klusterimalleille, joita käytettiin protonien siirtoenergioiden laskemiseen ja sidosparametrien ja pistevarausten johtamiseen voimakenttää varten tiheysfunktionaaliteoriaa käyttäen. Mukana ovat myös lopulliset parametritiedostot, joita voidaan käyttää Amber-hyppyohjelman kanssa syöttötiedostojen tuottamiseksi molekyylidynamiikkasimulaatioita varten Amber-ohjelmistopaketilla. Thermus thermophiluksen ba3-tyypin CcO:n (Protein Data Bank ID-numero PDB: 3S8F) korkean resoluution (1,8 Å) röntgenkiderakenteen perusteella rakensimme mallin, joka on upotettu POPC-lipidikaksoiskalvoon ja liuotettu TIP3P-vesimolekyyleillä ja vastaioneilla. Tarjoamme PDB-datatiedostot alkuperäisestä mallista ja tasapainotetusta mallista, joita voidaan käyttää jatkotutkimuksissa.