Affymetrix

CGS propose le profilage de transcription entière sur les matrices à plaques Affymetrix Gene ST et Clariom S. Ces matrices existent en format 24 ou 96 plaques pour les modèles humains, souris, rats et de nombreux modèles. Veuillez suivre ce lien pour plus d’informations et la liste des matrices disponibles.

La grande force de ces matrices par rapport à d’autres est leur conception basée sur une sélection minutieuse de sondes ciblant des exons caractéristiques plutôt que simplement l’extrémité 3 prime d’un gène. Cette conception supérieure des réseaux permet de mesurer les isoformes des gènes et donc de vous fournir une mesure plus précise des niveaux d’expression des gènes sur l’ensemble du transcriptome, y compris l’ARN non codant.

Protocole :

Les échantillons d’ARN sont amplifiés à l’aide du kit Genechip WT Plus d’Affymetrix. Brièvement, l’ARN est converti en ADNc, et amplifié à l’aide d’un mélange d’amorces pour cibler les ARNm polyA et non polyA, générant un ARNc marqué à la biotine. L’ARNc est ensuite hybridé sur la matrice Gene ST, coloré et scanné à l’aide du Genetitan.

Si la quantité ou la qualité pose un problème, nous utilisons le kit GeneChip WT pico (Affymetrix). Il s’agit d’une méthode d’amplification de l’ARN total à partir de 100 pg seulement.