angsd-wrapper : utilitaires pour l’analyse des données de séquençage de nouvelle génération

Le séquençage à haut débit a changé de nombreux aspects de la génétique des populations, de l’écologie moléculaire et des domaines connexes, affectant à la fois la conception expérimentale et l’analyse des données. Le progiciel angsd permet aux utilisateurs d’effectuer un certain nombre d’analyses de génétique des populations sur des données de séquençage à haut débit. angsd utilise des approches probabilistes qui peuvent directement utiliser les vraisemblances des génotypes ; ainsi, l’appel de SNP n’est pas nécessaire pour les analyses comparatives. Cela permet de tirer parti de toutes les données de séquençage et de produire des résultats plus précis pour les échantillons à faible profondeur de séquençage. Nous présentons ici angsd-wrapper, un ensemble de scripts wrapper qui fournit une interface conviviale pour l’exécution d’angsd et la visualisation des résultats. angsd-wrapper prend en charge plusieurs types d’analyses, notamment les estimations des tests de neutralité de la diversité des séquences nucléotidiques, l’analyse en composantes principales, l’estimation des proportions de mélange pour les échantillons individuels et le calcul des statistiques qui quantifient l’introgression récente. angsd-wrapper fournit également un graphique interactif des résultats d’angsd pour améliorer l’exploration des données. Nous démontrons l’utilité d’angsd-wrapper en analysant des données de reséquençage provenant de populations de Zea sauvages et domestiquées. angsd-wrapper est disponible gratuitement auprès de https://github.com/mojaveazure/angsd-wrapper.