Arabinogalactane
L’extrémité réductrice de l’arabinogalactane microbien est constituée de la séquence terminale →5)-D-Galf-(1→4)-L-Rhap-(1→3)-D-GlcNAc. Un muramyl-6-P est également présent au sein du groupe fonctionnel du peptidoglycane. Le mycolylarabinogalactane des mycobactéries est attaché au peptidoglycane par le pont diglycosylphosphoryle spécifique aux actinomycètes, L-Rhap-(1→3)-D-GlcNAc-(1→P).
L’arabinogalactane contient une chaîne de galactane, avec des résidus β-D-galactofuranosyl (Galf) et β-D-Galf à 5 liaisons alternées. Les chaînes arabinanes sont attachées au C-5 de certains des résidus Galf liés à 6. Il existe trois domaines structurels majeurs pour l’arabinan. Le premier est un domaine constitué de résidus α-D-Araf linéaires à 5 liaisons. Le deuxième est un domaine avec des résidus α-D-Araf ramifiés à 3,5 liaisons substitués par des unités α-D-Araf à 5 liaisons aux deux positions ramifiées, et le troisième est un domaine terminal non réducteur pour l’arabinane terminal constitué d’un résidu α-D-Araf à 3,5 liaisons substitué aux deux positions ramifiées par le disaccharide β-D Araf-(1→2)- α-D-Araf. Ces trois chaînes d’arabinane sont attachées au galactane aux résidus 8, 10 et 12.
L’extrémité non réductrice de l’arabinogalactane est attachée de manière covalente aux acides mycoliques de la membrane externe. L’hydrophobie des acides mycoliques constitue une barrière à l’entrée des médicaments. En outre, le peptidoglycane arabinogalactane mycolyle est responsable de certains aspects de la pathogenèse des maladies et d’une grande partie de la réponse des anticorps dans les infections. Les substituants mycolyle sont sélectivement et également répartis sur les fonctions 5-hydroxyle des résidus Araf terminaux et de l’avant-dernier résidu 2-liés. Les résidus mycolyle sont regroupés par groupes de quatre sur l’unité pentaarabinosyle terminale non réductrice (β-Araf-(1→2)-α-Araf)2-3,5-α-Araf . Ainsi, la majorité (66%) des unités pentaarabinosyl sont substituées par des acides mycoliques, laissant la minorité (33%) disponible pour une interaction avec le système immunitaire.
Environ une des trois chaînes arabinosyl attachées à la chaîne galactane contient des groupes succinyl. Bien qu’un groupe succinyle soit le plus courant, on peut trouver jusqu’à trois groupes succinyle par fragment d’arabinane libéré sur les oligo-arabinans. Cependant, les fragments d’arabinan substitués par GalNH2 ne sont pas succinylés. Il est important de noter que, dans le cas de M. tuberculosis, et très probablement dans tous les organismes à croissance lente, une charge positive (GalNH2 protoné sous forme de GalNH3+) et une charge négative (succinyle) sont présentes dans les régions centrales de l’arabinane, spécifiquement à O-2 des unités 3,5-α-D-Araf internes. Les résidus succinyl se trouvent sur la chaîne non-mycolylée. Récemment, un modèle primaire complet de l’arabinogalactane a été proposé.