Fiehn Lab – SetupX et BinBase

Nous avons développé un système qui combine les métadonnées spectrométriques de masse et biologiques pour atteindre cet objectif. Tout d’abord, le système SetupX permet de saisir des métadonnées biologiques pour piloter les flux de travail du laboratoire en générant des  » classes  » qui reflètent les plans d’expérience. Après l’acquisition des données, un système de base de données relationnelle (BinBase) est employé pour l’annotation automatisée des métabolites.

Query BinBase for compounds This wss the main site to compare mass spectra by compound names, by BinBase identifiers or even by your GC/MS spectra that you have acquired on a different platform ! Le site donne également un aperçu de la détection positive de métabolites dans les diverses espèces et organes analysés au UC Davis Genome Center (plus de 15 000 échantillons de plus de 40 espèces). Mise en place et annotation d’expériences métabolomiques Des études métabolomiques impartiales sont utilisées pour des études physiologiques, cliniques et génomiques afin de déduire les relations génotype-phénotype. La réutilisation à long terme des données métabolomiques nécessite à la fois des annotations correctes des métabolites et des classifications biologiques cohérentes. Nous avons développé un système qui combine les métadonnées de spectrométrie de masse et les métadonnées biologiques pour atteindre cet objectif. Une base de données publique de conception d’étude pour les projets métabolomiques Les bases de données métabolomiques sont inutiles sans une description précise de la conception de l’étude biologique et des métadonnées qui l’accompagnent et qui rendent compte du flux de travail du laboratoire, de la préparation des échantillons au traitement des données. Nous présentons ici un rapport sur la mise en œuvre d’un système de base de données qui permet aux chercheurs de détailler et de mettre en place une expérience biologique, et qui oriente également les flux de travail du laboratoire par un accès direct à l’instrument d’acquisition des données. Une base de données publique de conception d’étude pour les projets métabolomiques Les bases de données métabolomiques sont inutiles sans une description précise de la conception de l’étude biologique et des métadonnées d’accompagnement qui rendent compte du flux de travail du laboratoire, de la préparation des échantillons au traitement des données. Nous présentons ici la mise en œuvre d’un système de base de données qui permet aux chercheurs de détailler et de mettre en place une expérience biologique, et qui oriente également les flux de travail du laboratoire par un accès direct à l’instrument d’acquisition des données. BinBase – fonctionnalités, documentation et FAQ Documentation des fonctionnalités, documentation et FAQ concernant BinBase Current Progress in computational metabolomics David S.Wishart écrit : « SetupX, développé par le laboratoire Fiehn à l’UCD, est un excellent exemple de LIMS métabolomique basé sur le web. Il est compatible XML et construit autour d’un noyau de gestion de base de données relationnelle. Il est particulièrement orienté vers la saisie et l’affichage de données métabolomiques GC-MS grâce à sa base de données d’annotation métabolique appelée BinBase. » SetupX Poster Boston 2008 SetupX Poster présenté à la conférence Metabolomics de Boston 2008 BinBase Télécharger le lien de téléchargement du système de base de données BinBase