Human BLAT Search

BLAT on DNA est conçu pour trouver rapidement des séquences de 95% et plus de similarité de longueur 25 bases ou plus. Il peut manquer des alignements de séquences plus divergents ou plus courts. Il trouvera des correspondances parfaites de séquences de 20 bases.BLAT sur les protéines trouve des séquences de 80% et plus de similarité de longueur 20 acides aminés ou plus. En pratique, DNA BLAT fonctionne bien sur les primates, et proteinBLAT sur les vertébrés terrestres.

BLAT n’est pas BLAST. DNA BLAT fonctionne en gardant en mémoire un index du génome entier. L’index est constitué de tous les 11-mères qui se chevauchent en s’intensifiant par 5, sauf pour ceux qui sont fortement impliqués dans les répétitions. L’index occupe environ 2 gigaoctets de RAM. Le génome lui-même n’est pas conservé en mémoire, ce qui permet à BLAT de fournir des performances élevées sur une machine Linux d’un prix raisonnable. L’index est utilisé pour trouver des zones d’homologie probable, qui sont ensuite chargées en mémoire pour un alignement détaillé. Protein BLAT fonctionne de la même manière, mais avec 4 membres plutôt que 11. L’index des protéines prend un peu plus de 2 gigaoctets.

BLAT a été écrit par Jim Kent.Comme la plupart des logiciels de Jim, l’utilisation interactive sur ce serveur web est gratuite pour tous.Les sources et les exécutables pour exécuter des travaux par lots sur votre propre serveur sont disponibles gratuitement à des fins académiques, personnelles et non lucratives. Des licences commerciales non exclusives sont également disponibles. Voir le site Web de Kent Informatics pour plus de détails.

Pour plus d’informations sur la version graphique de BLAT, cliquez sur le bouton Aide de la barre de menu supérieure ou consultez la FAQ de Genome Browser.