Sur la définition, la nomenclature et la classification des protéines de canaux d’eau (aquaporines et apparentés)

Une protéine de canal d’eau (WCP) ou un canal d’eau peut être défini comme une protéine transmembranaire qui a une structure tridimensionnelle spécifique avec un pore qui fournit une voie pour la perméation de l’eau à travers les membranes biologiques. Le pore est formé par deux régions hautement conservées dans la séquence d’acides aminés, appelées boîtes NPA (ou motifs) avec trois résidus d’acides aminés (asparagine-proline-alanine, NPA) et plusieurs acides aminés environnants. Les boîtes NPA ont été appelées la séquence « signature » des WCPs. Les WCPs sont une famille de protéines appartenant à la superfamille des Protéines Intrinsèques Membranaires (MIPs). En outre, dans la superfamille des MIP (qui compte plus de 1000 membres), il existe également des protéines sans activité de canal. La famille des MIP comprend trois sous-familles : les aquaporines, les aquaglycéroporines et les S-aquaporines. (1) Les aquaporines (AQP) sont des canaux hydriques sélectifs ou spécifiques, également nommés par divers auteurs aquaporines  » orthodoxes « ,  » ordinaires « ,  » conventionnelles « ,  » classiques « ,  » pures « ,  » normales  » ou  » sensu strictu « ) ; (2) Les aquaglycéroporines sont perméables à l’eau, mais aussi à d’autres petites molécules non chargées, en particulier le glycérol ; cette famille comprend les facilitateurs de glycérol, abrégés en GlpFs, de l’anglais glycerol permease facilitators. La séquence « signature » des aquaglycéroporines est le résidu d’acide aspartique (D) dans la deuxième case NPA. (3) La troisième sous-famille des WCPs a des séquences d’acides aminés peu conservées autour des boîtes NPA, inclassables aux deux premières sous-familles. Je recommande de toujours utiliser pour cette sous-famille le nom de S-aquaporines. Elles sont aussi appelées « superaquaporines », « aquaporines avec des boîtes NPA inhabituelles (ou déviées) », « aquaporines subcellulaires », ou « aquaporines en forme de siphon ». Je recommande également de toujours utiliser l’orthographe aquaporine (et non aquaporine), et, pour les différentes AQP, l’abréviation AQP suivie immédiatement du numéro, (par exemple AQP1), sans espace ou – ce qui pourrait créer des confusions avec « moins ».