Télécharger le logiciel BLAST et les bases de données Documentation
Les exécutables BLAST+
Vous avez des difficultés à exécuter des recherches BLAST à haut volume ? Avez-vous des données de séquence propriétaires à rechercher et ne pouvez pas utiliser le site web BLAST du NCBI ? Avez-vous accès à votre propre serveur ? Avez-vous votre propre pipeline de recherche ? L’envoi de recherches en dehors de votre organisation pose-t-il des problèmes de sécurité ou de propriété intellectuelle ? Si vous avez répondu oui à l’une de ces questions, poursuivez votre lecture !
Le NCBI fournit une suite d’outils en ligne de commande pour exécuter BLAST appelée BLAST+. Cela permet aux utilisateurs d’effectuer des recherches BLAST sur leur propre serveur sans restrictions de taille, de volume et de base de données. BLAST+ peut être utilisé avec une ligne de commande, de sorte qu’il peut être intégré directement dans votre flux de travail.
Quelles sont les prochaines étapes ?
Téléchargez et installez BLAST+. Les installateurs et le code source sont disponibles sur ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/. Téléchargez les bases de données dont vous avez besoin,(voir la section sur les bases de données ci-dessous), ou créez les vôtres. Commencez à chercher.
Pour plus de détails, veuillez consulter le manuel de l’utilisateur de BLAST+, le manuel d’aide de BLAST, les notes de version de BLAST, et l’article dans BMC Bioinformatics (lien PubMed). Voir notre politique de versionnement.
La suite BLAST+ est le paquetage actuellement pris en charge. Les anciens exécutables de la boîte à outils C ne sont plus pris en charge. Voir notre politique de versionnement.
Nous sommes toujours à l’écoute et vos commentaires sont les bienvenus au Centre de support BLAST.
Magic-BLAST
Magic-BLAST est un outil permettant de cartographier de grandes séries de séquençage ARN ou ADN de nouvelle génération par rapport à un génome ou un transcriptome entier. En savoir plus sur Magic-BLAST à https://ncbi.github.io/magicblast.
Les installateurs et le code source sont disponibles sur ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST.
IgBLAST
IgBLAST facilite l’analyse des séquences de domaine variable des immunoglobulines et des récepteurs des cellules T. Pour plus de détails, veuillez consulter la documentation à https://ncbi.github.io/igblast/ et l’article dans Nucleic Acids Research (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333).
Les installateurs et le code source sont disponibles sur ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST.
SRPRISM
SRPRISM est un outil d’alignement de lectures courtes qui fonctionne avec des séquences génomiques et traite les loci alternatifs. Pour plus d’informations, voir ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README. Un exécutable LINUX est disponible sous ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism
Bases de données
Les bases de données BLAST sont mises à jour quotidiennement et peuvent être téléchargées par FTP à partir deftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database ensembles peuvent être récupérés automatiquement avec update_blastdb.pl, qui fait partie de la suite BLAST+.Veuillez vous référer à la documentation des bases de données BLAST pour plus de détails.
Le NCBI rend consultable la collection de matrices de notation spécifiques à la position qui peuvent être utilisées pour les protéines sensibles et les recherches de nucléotides traduits. Celles-ci sont connues sous le nom de Conserved Domain Database et peuvent être recherchées avec les exécutables RPSBLAST et RPSTBLASTN distribués avec le paquet BLAST+. La collection la plus complète de CDD est disponible sur ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz. Des sous-ensembles de la collection complète sont disponibles sur ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/. La documentation sur ces collections de CDD est disponible à l’adresse ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README.