Affymetrix

A CGS teljes transzkripciós profilkészítést kínál az Affymetrix Gene ST és Clariom S lemezes tömbökön. A tömbök 24 vagy 96 lemezes formátumban állnak rendelkezésre humán, egér, patkány és számos modellhez. Kérjük, kövesse ezt a linket további információkért és a rendelkezésre álló tömbök listájáért.

Az említett tömbök nagy erőssége a többivel szemben az, hogy tervezésük a jellegzetes exonokat célzó szondák gondos kiválasztásán alapul, nem pedig csak a gén 3 prím végét célozzák meg. Ez a kiváló tömbtervezés lehetővé teszi a génizoformák mérését, és így pontosabb mérést biztosít a génexpressziós szintekről a teljes transzkriptomban, beleértve a nem kódoló RNS-t is.

Protokoll:

Az RNS-mintákat az Affymetrix Genechip WT Plus kit segítségével amplifikáljuk. Röviden, az RNS-t cDNS-vé alakítjuk, és a poliA és nem-poliA mRNS-eket célzó primerek keverékével amplifikáljuk, biotin-jelölt cRNS-t generálva. A cRNS-t ezután a Gene ST array-re hibridizáljuk, megfestjük és a Genetitan segítségével szkenneljük.

Ha a mennyiség vagy a minőség problémát jelent, a GeneChip WT pico kitet (Affymetrix) használjuk. Ez egy olyan módszer, amellyel a teljes RNS-t már 100 pg-ból is fel lehet erősíteni.