angsd-wrapper: segédprogramok az újgenerációs szekvenálási adatok elemzéséhez

A nagy áteresztőképességű szekvenálás a populációgenetika, a molekuláris ökológia és a kapcsolódó területek számos aspektusát megváltoztatta, befolyásolva mind a kísérlettervezést, mind az adatelemzést. Az angsd szoftvercsomag lehetővé teszi a felhasználók számára, hogy számos populációgenetikai elemzést végezzenek nagy áteresztőképességű szekvenálási adatokon. angsd valószínűségi megközelítéseket használ, amelyek közvetlenül felhasználhatják a genotípus-valószínűségeket; így az összehasonlító elemzésekhez nincs szükség SNP-meghívásra. Ez az összes szekvenálási adatot kihasználja, és az alacsony szekvenálási mélységű minták esetében pontosabb eredményeket produkál. Itt bemutatjuk az angsd-wrapper-t, egy olyan wrapper szkriptkészletet, amely felhasználóbarát felületet biztosít az angsd futtatásához és az eredmények vizualizálásához. Az angsd-wrapper többféle elemzést támogat, beleértve a nukleotidszekvencia-diverzitás semlegességi tesztek becslését, a főkomponens-elemzést, az egyes minták keveredési arányainak becslését és a közelmúltbeli introgressziót számszerűsítő statisztikák kiszámítását. az angsd-wrapper az angsd eredményeinek interaktív grafikus megjelenítését is biztosítja az adatok feltárásának javítása érdekében. Az angsd-wrapper hasznosságát vad és háziasított Zea-populációkból származó reszekvenálási adatok elemzésével mutatjuk be. angsd-wrapper szabadon elérhető a https://github.com/mojaveazure/angsd-wrapper címen.