Az emberi BLAT Search

BLAT on DNA célja, hogy gyorsan megtalálja a legalább 25 bázis hosszúságú, 95%-os vagy annál nagyobb hasonlóságú szekvenciákat. Eltévesztheti az eltérő vagy rövidebb szekvenciaillesztéseket. A BLAT a fehérjékre 80%-os vagy annál nagyobb hasonlóságú, legalább 20 aminosav hosszúságú szekvenciákat talál. A gyakorlatban a DNS BLAT jól működik főemlősökön, a fehérjeBLAT pedig szárazföldi gerinceseken.

A BLAT nem BLAST. A DNS BLAT úgy működik, hogy a teljes genomról egy indexet tart a memóriában. Az index az összes átfedő 11-merből áll, amelyek 5-tel lépkednek, kivéve azokat, amelyek erősen részt vesznek az ismétlődésekben. Az index körülbelül 2 gigabájt RAM-ot foglal el. A RAM tovább csökkenthető 1 GB alá, ha a lépésméretet 11-re növeljük.Magát a genomot nem tartjuk a memóriában, ami lehetővé teszi, hogy aBLAT nagy teljesítményt nyújtson egy elfogadható árú Linux boxon.Az indexet arra használjuk, hogy megtaláljuk a valószínű homológia területeit, amelyeket aztán a memóriába töltünk a részletes igazításhoz. A fehérje BLAT hasonló módon működik, kivéve, hogy nem 11, hanem 4 merszeresekkel dolgozik. A fehérjeindex valamivel több mint 2 gigabájtot foglal el.

A BLAT-ot Jim Kent írta.Mint Jim legtöbb szoftverét, az interaktív használat ezen a webszerveren mindenki számára ingyenes.A saját szerveren történő batch munkák futtatásához szükséges források és futtatható fájlok ingyenesen elérhetőek tudományos, személyes és non-profit célokra. Nem kizárólagos kereskedelmi licencek is rendelkezésre állnak. A részletekért lásd a Kent Informatics weboldalát.

A BLAT grafikus verziójával kapcsolatos további információkért kattintson a felső menüsor Súgó gombjára, vagy tekintse meg a Genome Browser GYIK-et.