BLAST szoftverek és adatbázisok letöltése Dokumentáció
BLAST+ futtatható fájlok
Nehézségei vannak a nagy mennyiségű BLAST keresések futtatásával? Saját szekvenciaadatokban szeretne keresni, és nem tudja használni az NCBI BLAST weboldalát? Van hozzáférése saját szerverhez? Saját kutatási csővezetékkel rendelkezik? Biztonsági vagy szellemi tulajdonjogi aggályai vannak a keresések szervezetén kívülre küldésével kapcsolatban? Ha e kérdések bármelyikére igennel válaszolt, olvasson tovább!
Az NCBI egy BLAST+ nevű parancssori eszközcsomagot biztosít a BLAST futtatásához. Ez lehetővé teszi a felhasználók számára, hogy saját szerverükön végezzenek BLAST-kereséseket méret-, volumen- és adatbázis-korlátozások nélkül. A BLAST+ parancssorral használható, így közvetlenül integrálható a munkafolyamatba.
Melyek a következő lépések?
Töltse le és telepítse a BLAST+ programot. A telepítők és a forráskód elérhető a ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ oldalon. Töltse le a szükséges adatbázisokat (lásd az adatbázisok részt alább), vagy hozzon létre sajátot. Kezdje el a keresést.
További részletekért olvassa el a BLAST+ felhasználói kézikönyvét, a BLAST súgó kézikönyvét, a BLAST kiadási jegyzeteit és a BMC Bioinformatics című folyóirat cikkét (PubMed link). Lásd a verziókezelési szabályzatunkat.
A BLAST+ csomag a jelenleg támogatott csomag. A régebbi C eszközkészlet futtatható változatai már nem támogatottak. Lásd a verziókezelési szabályzatunkat.
Mindig figyelünk, és szívesen fogadjuk visszajelzéseit a BLAST Support Centerben.
Magic-BLAST
A Magic-BLAST egy olyan eszköz, amely nagy, következő generációs RNS- vagy DNS-szekvenálási futások teljes genom vagy transzkriptom leképezésére szolgál. A Magic-BLAST-ról bővebben a https://ncbi.github.io/magicblast.
A telepítők és a forráskód elérhető a ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST címen.
IgBLAST
Az IgBLAST megkönnyíti az immunglobulin és T-sejt receptor változó domén szekvenciák elemzését. Részletekért lásd a dokumentációt a https://ncbi.github.io/igblast/ címen, valamint a Nucleic Acids Research (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333) című folyóiratban megjelent cikket.
A telepítők és a forráskód elérhető a ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST címen.
SRPRISM
Az SRPRISM egy rövid olvasat-illesztési eszköz, amely genomi szekvenciákkal dolgozik és kezeli az alternatív lókuszokat. További információért lásd: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README. Egy LINUX futtatható program elérhető a ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism
Adatbázisok
A BLAST adatbázisok naponta frissülnek, és FTP-n keresztül letölthetők aftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database címről.A készletek automatikusan lekérhetők a BLAST+ csomag részét képező update_blastdb.pl programmal.
Az NCBI kereshető gyűjteményt készít pozíció-specifikus pontozási mátrixokból, amelyek érzékeny fehérjék és lefordított nukleotidok kereséséhez használhatók. Ezek Conserved Domain Database néven ismertek, és a BLAST+ csomaggal együtt terjesztett RPSBLAST és RPSTBLASTN futtatható programokkal kereshetők. A CDD-k legátfogóbb gyűjteménye a ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz oldalon érhető el. Az átfogó gyűjtemény részhalmazai a ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/ címen érhetők el. A CDD-gyűjtemények dokumentációja a ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README címen érhető el.
.