Blastn vs. blastp

A blastn valójában egy meglehetősen gyenge eszköz fehérjekódoló szekvenciák megtalálására. Ez részben a legtöbb kodonban a harmadik nukleotid wobble pozíciójának köszönhető. A legtöbb aminosavat több, a harmadik pozícióban eltérő kodon kódolhatja. Így pontosan ugyanazt az aminosav-szekvenciát két, minden harmadik pozícióban eltérő nukleotidszekvencia is kódolhatja (mivel a harmadik pozícióban bekövetkező mutációk nem befolyásolják a keletkező fehérjét, az ilyen mutációk általában elég gyorsan felhalmozódnak). Mivel az aminosav-szekvenciák azonosak, a blastp-nek nem okozna gondot az egyik szekvencia kinyerése, ha a másik szekvenciát használná lekérdezésként. A blastn azonban 11 nukleotidos alapértelmezett szóméretet használ. Ez azt jelenti, hogy a két szekvenciának legalább 11 nukleotiddal kell egyeznie ahhoz, hogy a blastn egyáltalán találatot tudjon jelenteni. A fenti példában, amikor a szóméretet 6-ra állítottuk, a legjobb találat e-értéke 0,031 volt. Ebben az esetben 6 nukleotidból álló tökéletes egyezést találtak a lekérdezett és az adatbázis szekvenciái között, de a blastn nem tudta nagyon kibővíteni ezt az illesztést, ami megmagyarázza a rossz e-értéket (gyakran ez nem számítana jelentős találatnak).