Data ArticleData for molecular dynamics simulations of B-type cytochrome c oxidase with the Amber force field

A citokróm c oxidáz (CcO) egy létfontosságú enzim, amely katalizálja a molekuláris oxigén redukcióját vízzé, és protonokat pumpál a mitokondriális és bakteriális membránokon keresztül. Ez a cikk a ba3 típusú CcO kofaktorainak olyan paramétereit mutatja be, amelyek kompatibilisek az összes atomot tartalmazó Amber ff12SB és ff14SB erőterekkel. Konkrétan a CuA párra, a heme b-re és a hidroperoxo csoporttal áthidalt heme a3-ból és CuB-ből álló dinukleáris központra dolgoztunk ki paramétereket. Az adatok XYZ koordinátaformátumú geometriákat tartalmaznak a klasztermodellekhez, amelyeket a protonátadási energiák kiszámításához, valamint az erőtér kötésparamétereinek és ponttöltéseinek sűrűségfunkcionál-elmélet segítségével történő levezetéséhez használtak. Tartalmazza továbbá a végleges paraméterfájlokat, amelyek az Amber leap programmal alkalmazhatók az Amber szoftvercsomaggal végzett molekuladinamikai szimulációk bemeneti fájljainak létrehozására. A Thermus thermophilus ba3-típusú CcO nagy felbontású (1,8 Å) röntgenkristályszerkezete (Protein Data Bank azonosítószám PDB: 3S8F) alapján egy POPC lipid kettősrétegű membránba ágyazott, TIP3P vízmolekulákkal és ellenionokkal szolvált modellt építettünk. A kezdeti modell és az egyensúlyba hozott modell PDB adatfájljait közöljük, amelyek további vizsgálatokhoz felhasználhatók.