EMBL – European Molecular Biology Laboratory
A fehérje alakjáról és konformációjáról, valamint a makromolekulák közötti kölcsönhatásról a szedimentációs sebességgel végzett kísérlet során kapott szedimentációs és diffúziós együtthatókból nyerhető információ. A szedimentációs együtthatók különösen hasznosak a fehérje konformációjában bekövetkező változások nyomon követésére. Az így kapott, a fehérje vagy fehérjekomplex általános alakjára vonatkozó modell összehasonlítható az elektronmikroszkópiával nyert képekkel annak felmérésére, hogy ezek a képek mennyire alkalmazhatók e részecskék oldatban való viselkedésére.
Aszociáció
A kötési folyamatok vizsgálatára szolgáló más módszerekkel ellentétben a szedimentációs egyensúlyi módszer különösen érzékeny a viszonylag gyenge, 10-100 M-1 nagyságrendű asszociációs állandókkal (Ka) rendelkező asszociációk vizsgálatára. Azonban a 107 M-1-nél lényegesen nagyobb Ka értékű kötődési folyamatok is tanulmányozhatók.
A műszer
Az EMBL-ben használt analitikai ultracentrifuga egy Beckman Optima XL-A. A műszer vákuum alatt, szabályozott sebességgel és hőmérsékleten pörgeti a fehérjemintát, miközben meghatározott időközönként rögzíti a koncentrációeloszlást. A rotortól függően a fordulatszám elérheti a 60 000 fordulat/perc (ami 250 000 x g-nek felel meg). A mérésekhez speciális cellákat használnak, amelyek ellenállnak a nagy gravitációs térnek, és amelyek lehetővé teszik a fény áthaladását a mintán. A tényleges mintát egy szektor alakú üregbe helyezik, amely két kvarcablak között helyezkedik el (lásd az 1. ábrát). Ez az üreg egy alumíniumötvözetből vagy erősített epoxiból készült középrészben helyezkedik el. A kettős szektorcellákat azért is használják, hogy korrigálni tudják a minta oldószerének abszorbanciáját. Ezek a cellák lehetővé teszik az ülepedési együttható-különbségek és a diffúziós együtthatók mérését is. A középpontok úthossza 3 és 12 mm között van, ami a választható hullámhosszokkal kombinálva lehetővé teszi a mintakoncentrációk széles tartományának vizsgálatát. A küvetták összeszerelésének módját az Összeszerelési protokollban találja.