Fekete bengáli kecske

A világ legjobb és egyetlen bangladesi fekete bengáli kecskefajtájának életének rejtélyét a teljes genom szekvenálással tárta fel a Dr. AMAM Zonaed Siddiki, a Chittagongi Állatorvosi és Állattudományi Egyetem (CVASU) Állatorvosi Karának Patológiai és Parazitológiai Tanszékének professzora által vezetett “Genomikai Kutatócsoport”. A fekete bengáli kecske genomjának elemzése kimutatta, hogy genomjának mérete körülbelül 3,04 gb, amelyből körülbelül 31,85% ismétlődés. Bár az előrejelzések szerint 29 kromoszómában 26 458 gén található, a génszerkezeti annotáció csak 12 589 génről készült el. Ezen kívül 8173 gén között találtak legalább egy ontológiai kifejezést. Jelenleg a projekt egyik kutatási cikkét elfogadta és közzétette a Springer Nature cég alá tartozó BMC neves tudományos folyóirat. A kutatás egy másik részét a Taylor and Francis Group Mitochondrial DNA Part B című folyóiratában tették közzé, amellett, hogy az összes adatot az NCBI is elismerte. Emellett, miközben a kutatás folyt, annak kivonatát először mutatták be a Nanjingi Mezőgazdasági Egyetem által szervezett “The 2nd World Conference on Sheep” című konferencián. A projekt sikeres lebonyolítása érdekében a csapat minden tagja megfelelő képzésben részesült. A csapat egyik tagját, Masum Billah-t továbbképzés céljából a kínai Északnyugati A&F Egyetem Dr. Yu Jiang professzor Big Data Laboratóriumába küldték, egy másik tagot, Kazi Shawrobot pedig az indiai Mizoram Egyetemre. A csapat további tagjai Mahadia Kumkum, Mohammad Atique Ul Alam, Sourav Saha Pritthi, Montaha Chowdhury, Mehedi Hasan Rumi és Md. Sirajul Islam.

Az adatelemzéshez a CVASU-ban egy 128 gb RAM-mal rendelkező nagysebességű számítógépet telepítettek, és a bangladesi University Grants Commission of Bangladesh szerverét használták. A kutatás nagy részét Bangladesben végezték, de néhány részhez nagyon fejlett szerverre volt szükség, amelyet Dr. Abdul Baten, a Southern Cross University munkatársa Ausztráliában végzett.

Noha a Hilsha és a Juta teljes genomszekvenálását már korábban elvégezték Bangladesben, a fekete bengáli kecske genomjának mérete a legnagyobb. A genom a gének vagy a genetikai állomány teljes készlete, amely egy szervezetben jelen van, és amely szükséges a születéshez, az élethez és a szaporodáshoz. A gének tartalmazzák a szervezet összes információját, például azt, hogy hogyan jött létre és fejlődött ki, milyen tulajdonságai vannak, hogyan növekszik és hogyan védekezik kedvezőtlen helyzetekben. Azt a folyamatot, amelynek során mindezeket az információkat a génekből nyerjük ki, genomszekvenálásnak nevezzük. A genomszekvenálás megmondja a gének pontos helyét és funkcióját, amelyek a különböző élettani tevékenységekhez szükségesek a szervezet születésétől a haláláig.