Fiehn Lab – SetupX és BinBase

Egy olyan rendszert fejlesztettünk ki, amely a tömegspektrometriai és biológiai metaadatokat egyesíti e cél elérése érdekében. Először is, a SetupX rendszer lehetővé teszi a biológiai metaadatok bevitelét a laboratóriumi munkafolyamatok irányításához a kísérleti terveket tükröző “osztályok” létrehozásával. Az adatgyűjtés után egy relációs adatbázis-rendszert (BinBase) alkalmazunk az automatizált metabolit-annotációhoz.

Query BinBase for compounds This wss the main site to compare mass spectra by compound names, by BinBase identifiers or even by your GC/MS spectra that you have acquired on a different platform! Az oldal áttekintést ad a metabolitok pozitív kimutatásáról is a UC Davis Genome Centerben elemzett fajok és szervek változatos készletében (több mint 15 000 minta több mint 40 fajból) Metabolomikai kísérletek beállítása és annotálása Az elfogulatlan metabolomikai felméréseket fiziológiai, klinikai és genomikai vizsgálatokhoz használják a genotípus-fenotípus kapcsolatokra való következtetés céljából. A metabolomikai adatok hosszú távú újrafelhasználhatóságához mind a metabolitok helyes annotációjára, mind a következetes biológiai osztályozásra szükség van. Olyan rendszert fejlesztettünk ki, amely e cél elérése érdekében egyesíti a tömegspektrometriai és a biológiai metaadatokat. Nyilvános vizsgálati terv-adatbázis metabolómiai projektekhez A metabolómiai adatbázisok használhatatlanok a biológiai vizsgálati terv pontos leírása és a kísérő metaadatok nélkül, amelyek beszámolnak a laboratóriumi munkafolyamatról a minta előkészítésétől az adatfeldolgozásig. Itt egy olyan adatbázisrendszer megvalósításáról számolunk be, amely lehetővé teszi a kutatók számára a biológiai kísérlet részletezését és beállítását, és amely az adatgyűjtő eszközhöz való közvetlen hozzáférés révén a laboratóriumi munkafolyamatokat is irányítja. Nyilvános vizsgálati terv-adatbázis metabolómiai projektekhez A metabolómiai adatbázisok használhatatlanok a biológiai vizsgálati terv pontos leírása és a kísérő metaadatok nélkül, amelyek a mintaelőkészítéstől az adatfeldolgozásig tartó laboratóriumi munkafolyamatról számolnak be. Itt egy olyan adatbázisrendszer megvalósításáról számolunk be, amely lehetővé teszi a kutatók számára a biológiai kísérlet részletezését és beállítását, és amely az adatgyűjtő műszerhez való közvetlen hozzáférés révén a laboratóriumi munkafolyamatokat is irányítja. BinBase – funkciók, dokumentáció és GYIK Dokumentáció a BinBase funkcióiról, dokumentációjáról és a GYIK-ről Current Progress in computational metabolomics David S. Wishart írta: “A UCD Fiehn laboratóriuma által kifejlesztett SetupX egy kiváló példa a webalapú metabolizmus LIMS-re. XML-kompatibilis és egy relációs adatbázis-kezelő mag köré épül. Különösen a GC-MS metabolomikai adatok rögzítésére és megjelenítésére irányul a BinBase nevű metabolikus annotációs adatbázisán keresztül”. SetupX poszter Boston 2008 A 2008-as bostoni metabolomikai konferencián bemutatott SetupX poszter BinBase A BinBase adatbázis-rendszer letöltési linkjének letöltése