Módszertani tanulmányAz Alcanivorax borkumensis extracelluláris sziderofort termel vas-limitációs körülmények között, fenntartva a szénhidrogén-degradációs hatékonyságát

A tengeri szénhidrogén-klasztikus baktériumok genetikai és fiziológiai tulajdonságokkal rendelkeznek ahhoz, hogy a szénhidrogéneket kizárólagos szénforrásként használják fel, és a tápanyagfelvételért versenyeznek az általában tápanyaghiányos tengeri élőhelyeken. Jelen munkánkban az Alcanivorax borkumensis SK2 sziderofór alapú vasfelvevő rendszereit és azok működését vizsgáltuk egy alifás szénhidrogén, a tetradekán biodegradációja során vaslimitációs körülmények között. Az SK2 genom antiSMASH-elemzése két különböző sziderofór-szintetáz feltételezett operon jelenlétét mutatta ki. Az előre jelzett magszerkezetek keresése azt mutatta, hogy az egyik sziderofór egyértelműen az Orn-Ser-Orn karboxil motívummal rendelkező komplex oligopeptid sziderofór családba tartozik, míg a másik valószínűleg az SA (szalicilsav)-alapú sziderofór családba.

Az SK2 kultúra felülúszójának elemzése során azonosítottak egy extracelluláris sziderofórt, amelynek szerkezetét felbontották. Így a nemrégiben leírt membránasszociált amfifil tetrapeptid sziderofór amfibaktin mellett az SK2 törzs ezen kívül egy extracelluláris típusú, a pseudomoninokhoz szerkezeti hasonlóságot mutató vas-kelátáló molekulát is termel. A sziderofór-szintetázok összehasonlító Q-PCR-analízise kimutatta, hogy vasszegény közegben jelentősen felfelé szabályozódnak. A növekedés korai és késői exponenciális fázisában a két operon esetében eltérő expressziós mintázatot regisztráltunk, ami e két sziderofór eltérő funkciójára utal vasszegény körülmények között.