Affymetrix

CGS offre la profilazione di interi trascritti sugli array di piastre Affymetrix Gene ST e Clariom S. Gli array sono disponibili in formato 24 o 96 piastre per l’uomo, il topo, il ratto e numerosi modelli. Si prega di seguire questo link per ulteriori informazioni e la lista degli array disponibili.

La grande forza di questi array rispetto ad altri è il loro design basato su un’attenta selezione di sonde che mirano agli esoni caratteristici piuttosto che solo all’estremità 3 prime di un gene. Questo design superiore dell’array permette la misurazione delle isoforme geniche e quindi fornisce una misurazione più accurata dei livelli di espressione genica attraverso l’intero trascrittoma, compreso l’RNA non codificante.

Protocollo:

I campioni di RNA vengono amplificati utilizzando il kit Genechip WT Plus di Affymetrix. In breve, l’RNA viene convertito in cDNA e amplificato utilizzando una miscela di primer per bersagliare gli mRNA polyA e non-polyA generando cRNA marcato con biotina. Il cRNA viene poi ibridato all’array Gene ST, colorato e scansionato usando il Genetitan.

Se la quantità o la qualità è un problema, usiamo il kit GeneChip WT pico (Affymetrix). Si tratta di un metodo per amplificare l’RNA totale a partire da soli 100 pg.

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