angsd-wrapper: utilities for analysing next-generation sequencing data

Il sequenziamento ad alta produttività ha cambiato molti aspetti della genetica di popolazione, dell’ecologia molecolare e dei campi correlati, influenzando sia il disegno sperimentale che l’analisi dei dati. Il pacchetto software angsd permette agli utenti di eseguire una serie di analisi genetiche di popolazione su dati di sequenziamento ad alta produttività. angsd utilizza approcci probabilistici che possono utilizzare direttamente le probabilità dei genotipi; quindi, la chiamata SNP non è necessaria per le analisi comparative. Questo sfrutta tutti i dati di sequenziamento e produce risultati più accurati per i campioni con bassa profondità di sequenziamento. Qui, presentiamo angsd-wrapper, un insieme di script wrapper che fornisce un’interfaccia user-friendly per l’esecuzione angsd e la visualizzazione dei risultati. angsd-wrapper supporta più tipi di analisi tra cui stime di test di neutralità della diversità di sequenza nucleotidica, analisi delle componenti principali, stima delle proporzioni di commistione per i singoli campioni e calcolo delle statistiche che quantificano l’introgressione recente. angsd-wrapper fornisce anche la grafica interattiva dei risultati angsd per migliorare l’esplorazione dei dati. Dimostriamo l’utilità di angsd-wrapper analizzando i dati di risequenziamento da popolazioni di Zea selvatica e addomesticata. angsd-wrapper è disponibile gratuitamente da https://github.com/mojaveazure/angsd-wrapper.