Data ArticleData for molecular dynamics simulations of B-type cytochrome c oxidase with the Amber force field

Cytochrome c oxidase (CcO) è un enzima vitale che catalizza la riduzione di ossigeno molecolare ad acqua e pompa protoni attraverso le membrane mitocondriali e batteriche. Questo articolo presenta i parametri per i cofattori della CcO di tipo ba3 che sono compatibili con i campi di forza Amber ff12SB e ff14SB. In particolare, i parametri sono stati sviluppati per la coppia CuA, eme b, e il centro dinucleare che consiste di eme a3 e CuB a ponte con un gruppo hydroperoxo. I dati includono le geometrie in formato di coordinate XYZ per i modelli di cluster che sono stati impiegati per calcolare le energie di trasferimento dei protoni e ricavare i parametri di legame e le cariche di punto per il campo di forza utilizzando la teoria funzionale della densità. Sono inclusi anche i file dei parametri finali che possono essere impiegati con il programma Amber leap per generare file di input per simulazioni di dinamica molecolare con il pacchetto software Amber. Sulla base della struttura cristallina a raggi X ad alta risoluzione (1,8 Å) del CcO di tipo ba3 del Thermus thermophilus (numero ID della Protein Data Bank PDB: 3S8F), abbiamo costruito un modello che è incorporato in una membrana a doppio strato lipidico POPC e solvatato con molecole d’acqua TIP3P e controioni. Forniamo i file di dati PDB del modello iniziale e il modello equilibrato che può essere utilizzato per ulteriori studi.