Download BLAST Software and Databases Documentation
BLAST+ executables
Hai difficoltà ad eseguire ricerche BLAST ad alto volume? Hai dati di sequenza proprietari da cercare e non puoi usare il sito web NCBI BLAST? Hai accesso al tuo server? Hai una tua pipeline di ricerca? Hai problemi di sicurezza o di proprietà intellettuale riguardo all’invio di ricerche al di fuori della tua organizzazione? Se hai risposto sì a una di queste domande, continua a leggere!
L’NCBI fornisce una suite di strumenti a riga di comando per eseguire BLAST chiamata BLAST+. Questo permette agli utenti di eseguire ricerche BLAST sul proprio server senza restrizioni di dimensioni, volume e database. BLAST+ può essere usato con una linea di comando in modo che possa essere integrato direttamente nel vostro flusso di lavoro.
Quali sono i prossimi passi?
Scaricare e installare BLAST+. Gli installatori e il codice sorgente sono disponibili da ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/. Scarica i database di cui hai bisogno, (vedi la sezione database qui sotto), o crea il tuo. Inizia la ricerca.
Per maggiori dettagli, vedi il manuale utente di BLAST+, il manuale della Guida di BLAST, le note di rilascio di BLAST e l’articolo in BMC Bioinformatics (link PubMed). Vedi la nostra politica di versioning.
La suite BLAST+ è il pacchetto attualmente supportato. I vecchi eseguibili del toolkit C non sono più supportati. Vedi la nostra politica sulle versioni.
Siamo sempre in ascolto e accogliamo i tuoi commenti al BLAST Support Center.
Magic-BLAST
Magic-BLAST è uno strumento per la mappatura di grandi sequenze di RNA o DNA di prossima generazione contro un intero genoma o trascrittoma. Leggi di più su Magic-BLAST a https://ncbi.github.io/magicblast.
Installatori e codice sorgente sono disponibili da ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST.
IgBLAST
IgBLAST facilita l’analisi delle sequenze del dominio variabile delle immunoglobuline e dei recettori delle cellule T. Per i dettagli si veda la documentazione a https://ncbi.github.io/igblast/ e l’articolo in Nucleic Acids Research (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333).
Installatori e codice sorgente sono disponibili da ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST.
SRPRISM
SRPRISM è uno strumento di allineamento di letture brevi che lavora con sequenze genomiche e gestisce loci alternativi. Per maggiori informazioni, vedi ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README. Un eseguibile LINUX è disponibile sotto ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism
Basi di dati
Le basi di dati BLAST sono aggiornate quotidianamente e possono essere scaricate via FTP daftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database set possono essere recuperati automaticamente con update_blastdb.pl, che fa parte della suite BLAST+. Si prega di fare riferimento alla documentazione della base di dati BLAST per maggiori dettagli.
L’NCBI rende ricercabile una collezione di matrici di punteggio specifiche per posizione che possono essere usate per ricerche di proteine sensibili e nucleotidi tradotti. Queste sono conosciute come Conserved Domain Database e possono essere ricercate con gli eseguibili RPSBLAST e RPSTBLASTN distribuiti con il pacchetto BLAST+. La collezione più completa di CDD è disponibile su ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz. Sottoinsiemi della collezione completa sono disponibili su ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/. La documentazione su queste collezioni di CDD è disponibile su ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README.
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