Fiehn Lab – SetupX e BinBase

Abbiamo sviluppato un sistema che combina metadati biologici e spettrometrici di massa per raggiungere questo obiettivo. In primo luogo, il sistema SetupX permette di inserire metadati biologici per guidare i flussi di lavoro del laboratorio generando “classi” che riflettono i disegni sperimentali. Dopo l’acquisizione dei dati, un sistema di database relazionale (BinBase) viene impiegato per l’annotazione automatica dei metaboliti.

Query BinBase per i composti Questo è il sito principale per confrontare gli spettri di massa per nomi di composti, per identificatori BinBase o anche per i tuoi spettri GC/MS che hai acquisito su una piattaforma diversa! Il sito fornisce anche una panoramica sulla rilevazione positiva dei metaboliti nel set diversificato di specie e organi analizzati al UC Davis Genome Center (oltre 15.000 campioni di più di 40 specie) Impostazione e annotazione degli esperimenti metabolomici Le indagini metabolomiche imparziali sono utilizzate per studi fisiologici, clinici e genomici per dedurre relazioni genotipo-fenotipo. La riutilizzabilità a lungo termine dei dati metabolomici ha bisogno sia di annotazioni corrette dei metaboliti che di classificazioni biologiche coerenti. Abbiamo sviluppato un sistema che combina metadati biologici e spettrometrici di massa per raggiungere questo obiettivo. Un database pubblico di progettazione dello studio per progetti metabolomici I database metabolomici sono inutili senza un’accurata descrizione del progetto di studio biologico e dei metadati di accompagnamento che riportano il flusso di lavoro del laboratorio dalla preparazione del campione all’elaborazione dei dati. Qui riportiamo l’implementazione di un sistema di database che permette agli investigatori di dettagliare e impostare un esperimento biologico, e che guida anche i flussi di lavoro del laboratorio attraverso l’accesso diretto allo strumento di acquisizione dati. Un database pubblico di progettazione dello studio per progetti metabolomici I database metabolomici sono inutili senza un’accurata descrizione del progetto dello studio biologico e dei metadati di accompagnamento che riportano il flusso di lavoro del laboratorio dalla preparazione del campione all’elaborazione dei dati. Qui riportiamo l’implementazione di un sistema di database che permette agli investigatori di dettagliare e impostare un esperimento biologico, e che guida anche i flussi di lavoro del laboratorio attraverso l’accesso diretto allo strumento di acquisizione dati. BinBase – caratteristiche, documentazione e FAQ Documentazione delle caratteristiche, della documentazione e delle FAQ riguardanti BinBase Progressi attuali nella metabolomica computazionale David S. Wishart ha scritto: “SetupX, sviluppato dal laboratorio Fiehn all’UCD, è un eccellente esempio di LIMS metabolomico basato sul web. È compatibile con XML e costruito intorno a un nucleo di gestione di database relazionale. È particolarmente orientato alla cattura e alla visualizzazione di dati metabolomici GC-MS attraverso il suo database di annotazioni metaboliche chiamato BinBase”. SetupX Poster Boston 2008 SetupX Poster mostrato alla Boston Metabolomics Conference 2008 BinBase Scarica il link per il download del sistema di database BinBase