Sulla definizione, nomenclatura e classificazione delle proteine del canale dell’acqua (acquaporine e parenti)

Una proteina del canale dell’acqua (WCP) o un canale dell’acqua può essere definita come una proteina transmembrana che ha una specifica struttura tridimensionale con un poro che fornisce un percorso per la permeazione dell’acqua attraverso le membrane biologiche. Il poro è formato da due regioni altamente conservate nella sequenza aminoacidica, chiamate NPA boxes (o motivi) con tre residui aminoacidici (asparagina-prolina-alanina, NPA) e diversi aminoacidi circostanti. Le scatole NPA sono state chiamate la sequenza “firma” dei WCP. Le WCP sono una famiglia di proteine appartenenti alla superfamiglia delle proteine intrinseche di membrana (MIPs). Inoltre, nella superfamiglia MIP (con più di 1000 membri) ci sono anche proteine senza attività di canale. La famiglia delle WCP comprende tre sottofamiglie: acquaporine, acquagliceroporine e S-aquaporine. (1) Le acquaporine (AQPs) sono canali d’acqua selettivi o specifici, chiamati anche da vari autori come acquaporine “ortodosse”, “ordinarie”, “convenzionali”, “classiche”, “pure”, “normali”, o “sensu strictu”); (2) Le acquagliceroporine sono permeabili all’acqua, ma anche ad altre piccole molecole non cariche, in particolare il glicerolo; questa famiglia comprende i facilitatori di glicerolo, abbreviati come GlpFs, da facilitatori di glicerolo permeasi. La sequenza “firma” per le acquagliceroporine è il residuo di acido aspartico (D) nella seconda casella NPA. (3) La terza sottofamiglia di WCP ha sequenze aminoacidiche poco conservate intorno ai box NPA, inclassificabili alle prime due sottofamiglie. Consiglio di usare sempre per questa sottofamiglia il nome S-aquaporine. Sono anche chiamate “superaquaporine”, “acquaporine con scatole NPA insolite (o deviate)”, “acquaporine subcellulari”, o “acquaporine sip-like”. Raccomando anche di usare sempre l’ortografia aquaporin (non aquaporine), e, per le varie AQP, l’abbreviazione AQP seguita immediatamente dal numero, (per esempio AQP1), senza spazio o -che potrebbe creare confusioni con “meno”.