Affymetrix

CGSでは、Affymetrix Gene STおよびClariom Sプレートアレイによる全トランスコード・プロファイリングをご提供しています。 このアレイは、ヒト、マウス、ラット、および多数のモデルについて、24または96プレート・フォーマットで提供されています。 このリンクから、利用可能なアレイの詳細とリストをご覧ください。

これらのアレイの他に対する大きな強みは、遺伝子の3プライムエンドだけでなく、特徴あるエクソンを標的としたプローブの慎重な選択に基づいて設計されている点です。 この優れたアレイ設計により、遺伝子アイソフォームの測定が可能となり、非コードRNAを含むトランスクリプトーム全体の遺伝子発現レベルをより正確に測定することができるようになりました。

RNAサンプルは、Affymetrix社のGenechip WT Plusキットを用いて増幅されます。 RNAはcDNAに変換され、polyAおよびnon-polyA mRNAを標的とするプライマーの混合物を用いて増幅され、ビオチンラベルのcRNAが生成される。 cRNAはその後Gene STアレイにハイブリダイズされ、染色され、Genetitanでスキャンされる。

量や質が問題であれば、GeneChip WT pico kit（Affymetrix）を用いる。 これは100pgという少ない量からtotal RNAを増幅する方法です

。