African Genome Variation Project – Wellcome Sanger Institute

Background

Genetic studies of human disease are more challenging to perform in Africa

過去数年間、ヨーロッパの集団における人間の疾患の遺伝的基盤を調べることを目的とした研究が大きく前進している。 国際ハップマップ・プロジェクトなどのプロジェクトは、ヨーロッパおよび東アジアの集団における遺伝学的研究に革命をもたらした。 高精度、高スループットのジェノタイピング技術の利用、大規模なサンプルサイズ、ヒトゲノム配列の変異に関するより深い理解です。 しかし、サハラ以南のアフリカでの同様の研究はまだ行われていません。

ヒトが生殖するとき、祖先の染色体は世代を経るごとに分解され、組み換えイベントによってシャッフルされます。 しかし、DNAの中には断片化されず、複数の個体の間で共有されるセグメントもあります。 このような断片はハプロタイプと呼ばれ、特定の病気に関連する遺伝子を探すのに利用される。 ハプロタイプの長さはさまざまで、病気に対する防御、または病気のリスクの増加のいずれかと関連している可能性があるのです」

今日の人類は、15万年以上前にアフリカに住んでいた祖先の子孫です。 その結果、アフリカの外で見られる遺伝的変異は、アフリカで見られる遺伝的変異のサブセットになる傾向があり、したがって遺伝的多様性や異質性はヨーロッパよりもアフリカの方が高くなっています。 アフリカの集団内および集団間の長い人口動態の歴史と変動は、ヨーロッパの集団内よりも分析すべきハプロタイプの数が多く、長さも短いことを意味します。 その結果、多くのヨーロッパ人は、出身地に関係なく、病気のハプロタイプを共有しています。 一方、アフリカのある病気に関連するハプロタイプの頻度は、個人の国や民族に依存する場合があります。 病気の遺伝的基盤を調べる場合、ヨーロッパの集団に見られる保存期間の長いハプロタイプは、アフリカの集団に比べて病気のリスクや予防に関連するものを特定しやすいことを意味しますが、解析領域が長くなるため、ヨーロッパのハプロタイプの中でこのリスクや予防をもたらす遺伝子を特定することが難しくなる欠点もあります。

さらに、ヨーロッパの集団は遺伝的に非常に似ているため、異なる研究からのデータを組み合わせて、十分に強力なメタ分析を行うのに十分な規模のデータセットを得ることは比較的容易であった。 アフリカの集団は、集団内、集団間ともに多様であるため、これらの集団の研究データを組み合わせることはより困難である。 最後に、私たちがシークエンスに使用している市販のチップのほとんどは、圧倒的に非アフリカ系のサンプルを使って開発されており、アフリカ系住民によく見られる遺伝子変異をかなりの割合でカバーしているとは考えにくい。