angsd-wrapper: utilities for analysing next-generation sequencing data

High-throughput sequencing has changed many aspects of population genetics, molecular ecology and related fields, affecting both experimental design and data analysis.High-throughput sequencingは集団遺伝学、分子生態学、関連分野の実験デザインとデータ解析の両方に影響を及ぼしている。 angsdは遺伝子型の尤度を直接利用できる確率的アプローチを採用しているため、比較分析にSNPコールは必要ない。 これにより、すべてのシーケンスデータを活用し、シーケンス深度が浅いサンプルに対してより正確な結果を得ることができます。 angsd-wrapperは，angsdの実行と結果の可視化のための使いやすいインターフェースを提供するラッパースクリプトセットです．angsd-wrapperは，塩基配列多様性中立性検定の推定，主成分分析，個々のサンプルに対する混血比率の推定，最近の内殖を定量化する統計量の計算などの複数のタイプの分析をサポートしています．また，データ探索の強化としてangsd結果のインタラクティブグラフを作成しています． 我々は、野生および家畜化されたZeaの集団からのリシークエンスデータを分析することにより、angsd-wrapperの有用性を実証します。angsd-wrapperはhttps://github.com/mojaveazure/angsd-wrapperから自由に入手可能です。