BLASTソフトウェアおよびデータベースのダウンロード ドキュメント
BLAST+ 実行ファイル
大量のBLAST検索を実行するのに苦労していませんか？ 検索したい独自の配列データがあり、NCBI BLAST Web サイトを使用できないのですか。 独自のサーバーをお持ちですか？ 独自の研究パイプラインをお持ちですか？ 検索結果を外部に送信することにセキュリティやIP上の懸念がありますか？ これらの質問のいずれかに「はい」と答えた方は、ぜひご一読ください。
NCBIはBLAST+と呼ばれるBLASTを実行するためのコマンドラインツール群を提供しています。 これにより、ユーザーは自分のサーバーで、サイズ、容量、データベースの制限なしに BLAST 検索を行うことができます。 BLAST+ はコマンドラインで使用できるため、ワークフローに直接組み込むことができます。
次のステップは？
BLAST+をダウンロードし、インストールします。 インストーラーとソースコードは ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ から入手可能です。 必要なデータベースをダウンロードするか（以下のデータベースのセクションを参照）、自分でデータベースを作成します。
詳細は、BLAST+のユーザーマニュアル、BLASTヘルプマニュアル、BLASTリリースノート、BMC Bioinformaticsの記事（PubMedリンク）を参照してください。 バージョニングポリシーをご覧ください。
BLAST+ suite は現在サポートされているパッケージです。 古い C toolkit 実行形式はサポートされなくなりました。 5591>
BLAST サポートセンターでは、皆様のご意見をお待ちしています。
Magic-BLAST
Magic-BLAST は、大規模な次世代 RNA または DNA シーケンスを全ゲノムまたはトランスクリプトームとマッピングするためのツールです。 Magic-BLAST の詳細は https://ncbi.github.io/magicblast.
インストーラーとソースコードは ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST から入手可能です。
IgBLAST
IgBLAST は免疫グロブリンと T 細胞受容体の可変ドメイン配列の解析を容易にするツールです。 詳細は https://ncbi.github.io/igblast/ のドキュメントと Nucleic Acids Research (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333) の記事を参照してください。
インストーラーとソースコードは ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/LATEST から入手できます。
SRPRISM
SRPISM はゲノム配列と alternative loci で動く short read alignment ツールです。 詳しくは、ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism/README を参照してください。 LINUX の実行ファイルは ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/srprism
Databases
BLAST データベースは毎日更新され、FTP で ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/.Database からダウンロードすることができます。また、BLAST+ スイートの一部である update_blastdb.pl で自動的に取得することもできます。詳細は BLAST データベースドキュメント を参照してください。 これらはConserved Domain Databaseとして知られており、BLAST+パッケージで配布されているRPSBLASTとRPSTBLASTN実行ファイルを用いて検索することができる。 CDDの最も包括的なコレクションは、ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/Cdd_NCBI_LE.tar.gz。 包括的なコレクションのサブセットは、ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/little_endian/ で利用可能です。 これらのCDDコレクションに関するドキュメントは、ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/README
で入手可能です。