Fiehn Lab – SetupX and BinBase

この目標を達成するために、質量分析計と生物学的メタデータを組み合わせたシステムを開発しました。 まず、SetupXシステムでは、実験デザインを反映した「クラス」を生成することで、ラボのワークフローを運営するための生物学的メタデータを入力することが可能である。 データ取得後は、リレーショナルデータベースシステム（BinBase）を用いて代謝物の自動アノテーションを行います。

Query BinBase for compounds このサイトは、化合物名、BinBase識別子、あるいは別のプラットフォームで取得したGC/MSスペクトルでマススペクトルを比較するメインサイトです。 また、UC Davis Genome Centerで解析された多様な生物種や臓器（40種以上、15,000サンプル以上）における代謝物のポジティブ検出についての概要が掲載されています。 メタボローム実験の設定とアノテーション 生理学的、臨床的、ゲノム研究において、遺伝型-表現型関係を推測するために偏りのないメタボローム調査が利用されています。 メタボロームデータの長期的な再利用には、正しい代謝物アノテーションと一貫した生物学的分類の両方が必要です。 この目標を達成するために、質量分析計と生物学的メタデータを組み合わせたシステムを開発しました。 メタボロームプロジェクトのための研究デザインデータベース メタボロームデータベースは、生物学的研究デザインの正確な記述と、サンプル調製からデータ処理までのラボのワークフローを報告する付随するメタデータなしでは役に立ちません。 このデータベースは、研究者が生物学的実験の詳細と設定を行うことができ、また、データ収集装置に直接アクセスすることによって研究室のワークフローを誘導することができるシステムの実装について報告します。 メタボロームプロジェクトのための研究デザインデータベース メタボロームデータベースは、生物学的研究デザインの正確な記述と、サンプル準備からデータ処理までの研究室のワークフローを報告するメタデータを伴わなければ意味がない。 このデータベースは、研究者が生物学的実験の詳細と設定を行うことができ、また、データ収集装置に直接アクセスすることによって研究室のワークフローを誘導することができるデータベースシステムの実装について報告するものである。 BinBase – features, documentaion and FAQ BinBaseに関する機能、ドキュメント、FAQのドキュメント Current Progress in computational metabolomics David S.Wishart wrote: “SetupX, developed by the Fiehn laboratory at UCD, is an excellent example of a web-based metabolomics LIMS.” (UCDで開発されたSetupXは、WebベースのメタボロームLIMSの優れた例です。 XML互換で、リレーショナルデータベース管理のコアで構築されています。 特に、BinBaseと呼ばれる代謝アノテーションデータベースを通じて、GC-MSメタボロームデータの取得と表示を指向しています。” SetupX Poster Boston 2008 SetupX Poster shown at the Boston Metabolomics Conference 2008 BinBase BinBaseデータベースシステムダウンロードリンク