Human BLAT Search

BLAT on DNAは、長さ25塩基以上の類似度95%以上の配列を高速に検索するために設計されています。 より分岐の多い配列や短い配列のアラインメントを見落とす可能性があります。 タンパク質のBLATは、20アミノ酸以上の長さで、80％以上の類似性のある配列を見つけることができます。 実際、DNA BLAT は霊長類に、proteinBLAT は陸生脊椎動物によく効きます。

BLAT は BLAST ではありません。 DNA BLAT は全ゲノムのインデックスをメモリに保持することで動作します。 このインデックスは、繰り返しに大きく関与するものを除き、重なり合う全ての11-merを5段ずつにしたものである。 このインデックスは約2ギガバイトのRAMを消費する。 ゲノム自体はメモリに保存されないので、BLATは手頃な価格のLinuxボックスで高い性能を発揮することができます。インデックスを使用して相同性の高い領域を見つけ、それをメモリにロードして詳細なアライメントを行います。 タンパク質BLATは、11-merではなく4-merであることを除けば、同様の方法で動作します。 BLAT は Jim Kent によって書かれました。Jim のソフトウェアの多くと同様に、この Web サーバーでの対話的な使用は誰にでも無料です。 また、非独占的な商用ライセンスも利用可能です。 詳細は Kent Informatics のウェブサイトを参照。

BLAT のグラフィカルバージョンに関する詳細は、トップメニューバーのヘルプボタンをクリックするか、ゲノムブラウザ FAQ を参照してください。