On definition, nomenclature and classification of water channel proteins (aquaporins and relatives)

水チャネルタンパク質（WCP）や水チャネルは、生物膜を越えて水を透過するための経路となる孔がある特定の三次元構造を有する膜横断タンパク質と定義することができます。 孔は、3つのアミノ酸残基（アスパラギン・プロリン・アラニン、NPA）とそれを取り巻くいくつかのアミノ酸からなるNPAボックス（またはモチーフ）と呼ばれるアミノ酸配列中の2つの高度保存領域によって形成されている。 NPAボックスは、WCPの「シグネチャー」配列と呼ばれている。 WCPは、Membrane Intrinsic Proteins (MIPs) スーパーファミリーに属するタンパク質ファミリーである。 また、MIPsスーパーファミリー（1000人以上）には、チャネル活性を持たないタンパク質も存在する。 WCPファミリーには、アクアポリン、アクアグリセロポリン、S-アクアポリンという3つのサブファミリーがある。 (アクアポリン（AQP）は水選択的あるいは特異的な水チャネルであり、様々な著者により「オーソドックス」、「普通」、「従来」、「古典」、「純粋」、「通常」あるいは「sensu strictu」アクアポリンとも呼ばれている）、（2）アクアグリセロポリンは水のみならず他の小さな非電荷分子、特にグリセロールに対して透過性を持つ。このファミリーにはグリセロール透過因子からGLPFと略されて呼ばれるグリセロール促進因子がある。 アクアグリセロポリンの特徴的な配列は、2番目のNPAボックスにあるアスパラギン酸残基(D)である。 (3) 第3のWCPサブファミリーは、NPAボックスの周辺に保存されたアミノ酸配列が少なく、最初の2つのサブファミリーに分類されない。 このサブファミリーはS-aquaporinと呼ぶことをお勧めする。 また、「superaquaporins」、「unusual (or deviated) NPA boxesを持つアクアポリン」、「subcellular aquaporins」、「sip-like aquaporins」とも呼ばれている。 また、私は常にアクアポリン（アクアポリンではない）という綴りを使うことを推奨し、様々なAQPについては、AQPという略語の後にすぐに番号（例えばAQP1）をつけ、スペースや–「マイナス」との混同を引き起こすかもしれない–は入れないようにします。