Proximity-Labeling MS (APEX-MS)

この方法では、目的のタンパク質にペルオキシダーゼ（アスコルビン酸パーオキシダーゼ：APEX）を結合させる。 APEXはH2O2処理により、外部から供給されたビオチンフェノールをビオチンフェノキシルラジカルに変換し、半径20nmの範囲でタンパク質を共有結合で標識する。 その後、ビオチン化されたタンパク質はSteptavidinを使用して濃縮される。 この技術により、ある時間におけるタンパク質の局所的な環境の「スナップショット」を撮影し、一時的なタンパク質相互作用を捉えることが初めて可能になった。 近接場標識法はここ数年で急速に発展し、従来のアフィニティーベースの精製法（AP-MS）と補完的な結果をもたらすことが示されている。したがって、まったく新しい研究の道を開き、タンパク質機能に関する新しい洞察をもたらす可能性を持っているのである。

APEXはオルガネラ全体のプロテオームを高い時間分解能で捉えるために使用されてきたが、その標識の広さから、特定のタンパク質ネットワークを調べるために必要な高い空間分解能は得られないと一般には考えられている。 我々は最近、定量プロテオミクスと空間参照システムを組み合わせることによって、この問題の解決策を提供した。 この新しい手法により、既知の結合パートナーだけでなく、これまで同定されていなかったネットワーク構成要素を特定することができる。最近、リガンドによる活性化に応じて動的にシグナル伝達やトラフィックを行うGタンパク質共役受容体に関わるタンパク質を調査する原理実証研究において、このことが示された

。