Affymetrix

CGS biedt profilering van hele transcripties op de Affymetrix Gene ST- en Clariom S-plaatarrays. De arrays zijn verkrijgbaar in 24- of 96-plaatformaat voor mens, muis, rat en diverse modellen. Volg deze link voor meer informatie en een lijst van de beschikbare arrays.

De grote kracht van deze arrays ten opzichte van andere is hun ontwerp dat is gebaseerd op een zorgvuldige selectie van probes gericht op karakteristieke exonen in plaats van alleen op het 3 prime einde van een gen. Dit superieure array-ontwerp maakt de meting van gen-isovormen mogelijk en biedt u daardoor een nauwkeurigere meting van genexpressieniveaus over het gehele transcriptoom, inclusief niet-coderend RNA.

Protocol:

De RNA-monsters worden geamplificeerd met behulp van de Genechip WT Plus-kit van Affymetrix. Kort gezegd wordt het RNA omgezet in cDNA en geamplificeerd met een mix van primers voor polyA- en niet-polyA-mRNA’s, waardoor biotine-gelabeld cRNA wordt gegenereerd. Het cRNA wordt vervolgens gehybridiseerd op de Gene ST array, gekleurd en gescand met de Genetitan.

Als kwantiteit of kwaliteit een probleem is, gebruiken we de GeneChip WT pico kit (Affymetrix). Dit is een methode om totaal RNA te amplificeren van zo weinig als 100 pg.